À Cologne, l'archevêque Gerhard de Waldbourg voulant se marier sans perdre son électorat embrasse la Réforme en 1582. Cette affaire cause un grand émoi, car elle viole la règle de la « réservation ecclésiastique » établie par la paix d'Augsbourg, qui veut que les princes ecclésiastiques du Saint-Empire démissionnent en cas de conversion au protestantisme. Au lieu de quoi, Waldbourg entreprend de transformer sa principauté ecclésiastique en principauté civile : le pape l'excommunie, et le une fraction du chapitre élit son ancien compétiteur Ernest de Bavière. Une guerre s'ensuit dite « guerre de Cologne » qui dure jusqu'en 1588. Avec l'aide des troupes bavaroises et espagnoles, Gerhard a été chassé de l'archevêché et du duché de Westphalie.
Liège (Outremeuse): Entrée de l'ancien hôpital de Bavière
Il fonde les premiers séminaires à Liège et à Saint-Trond, assure le développement des exploitations houillères et l'installation des usines métallurgiques. On lui doit quelques édits importants concernant les areines. L'homme d'affaires Curtius lui est contemporain. Il cède son palais d'Outremeuse pour créer l'hôpital de Bavière qui est resté en service jusqu'à la fin du XXe siècle.
Monnaie liégeoise d'Ernest de Bavière
Malgré ses tendances pro-espagnoles, il maintient la neutralité liégeoise et y met un point d'honneur.
Comme ses prédécesseurs, il se montre dur envers les protestants.
Il impose les décrets du Concile de Trente au clergé, malgré les plaintes de celui-ci.
Concernant la dynastie des Bavière (maison de Wittelsbach), le dauphin est coadjuteur. C’est-à-dire que le prince-évêque peut choisir une personne de sa famille pour lui succéder. C'est ainsi que la dynastie de Bavière va régner pendant 136 ans à Liège. De ce fait, Ferdinand de Bavière, 11 ans, devient coadjuteur de son oncle en 1601
En 1602, son règne marque également un tournant important pour la semi-démocratie liégeoise : tous les liégeois sont obligés de s'inscrire dans un des Trente-deux métiers de Liège, et chaque métier a le droit de prendre part aux décisions de la Principauté, ce qui amoindrit le pouvoir du prince-évêque.
Joseph Daris, Histoire du diocèse et de la principauté de Liège pendant le XVIe siècle, Liège, Louis Demarteau, , 698 p. (lire en ligne), « La principauté et le diocèse sous Ernest de Bavière », p. 455-658
