Bizkaiko Arkeologia eta Euskal Herriko Etnografia Museoa jatorrizko izena zuela, 1921ean ireki zuten San Andres IkastetxeaJesusen Lagundiarena zen eraikin barroko klaustroko beheko solairuan. Ikastetxe horretako parrokia egungo Joan Santuen eliza da. Hasiera hasieratik Bizkaiko Foru Aldundia eta Bilboko Udala izan zituen babesleak.
Epeka-epeka gertuko eraikinetara zabaldu zen, Bizkaiko arkeologia eta Euskal Herriko etnohistoria jasotzen dituzten bildumak gehitu ahala.
1962anKultura Ondasun izendatu zuten, Monumentu Historiko-Artistico Nazional mailan.
Erakusketak
Erakusketa iraunkorrak lau solairuetan banatzen dituzte:
Beheko solairuan, aldebaterako erakusketak ez ezik laudak eta heraldika areto iraunkorra ere badaude. Klaustroan Mikeldi dago eta eskaileretan Kurutziagako gurutzearen erreprodukzioa.