Προπολεμικά υπήρχε από το 1926 ως «Άμυνα Πειραιώς» ή «Άμυνα Κοκκινιάς» και είχε αναδειχθεί πρωταθλήτρια Ε.Π.Σ. Πειραιώς 2 φορές, το 1931 και το 1932. Ιδρύθηκε το 1948 ως «Αθλητική Ένωση Νίκαιας». Το 1965 συγχωνεύτηκε με τον Α.Π.Σ. Άρη Πειραιώς και δημιούργησαν τον Α.Ο. Ιωνικό Νικαίας.
Η Ένωσις Φιλάθλων Παλαιάς και Νέας Κοκκινιάς «η Άμυνα»[3] που αναφέρεται ως «Άμυνα Κοκκινιάς» ή «Άμυνα Πειραιώς» και μετέπειτα ως «Άμυνα Νικαίας», ιδρύθηκε ανεπίσημα το 1924 στη συνοικία του Καραβά της Νίκαιας και επισημοποιήθηκε το 1926.[4]
Η Άμυνα Κοκκινιάς πρωτοεμφανίστηκε το καλοκαίρι του 1926 μαζί με άλλα νεοσύστατα σωματεία σε διάφορες συνοικίες του Πειραιά στο νεοσύστατο και άτυπο πρωτάθλημα του Συνδέσμου Ποδοσφαιρικών Σωματείων Πειραιώς που διοργάνωσε ο Εθνικός Πειραιώς, ο οποίος είχε αποχωρήσει από την Ε.Π.Σ. Πειραιώς.
Έκτοτε, υπήρξε από τα πιο δυναμικά νέα Πειραϊκά σωματεία και την επόμενη σεζόν 1926-27 ανέβηκε στην Α΄ κατηγορία, όπου έπαιξε πρωταγωνιστικό ρόλο. Με ηγέτη το νεαρό τότε Θεολόγο Συμεωνίδη που αργότερα διέπρεψε με τον Ολυμπιακό Πειραιώς, είχε καθιερωθεί ως η τρίτη δύναμη στον Πειραιά. Μάλιστα, το 1927-28 εκμεταλλευόμενη την τιμωρία του Ολυμπιακού Πειραιώς ήταν δευτεραθλήτρια, ενώ τις χρονιές 1930-31 και 1931-32 εκμεταλλεύτηκε την απουσία των δυο μεγάλων που αμφότεροι αγωνίστηκαν στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα και κατέκτησε τον τίτλο του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Πειραιώς. Και τις 2 χρονιές, σαν πρωταθλήτρια Ε.Π.Σ. Πειραιώς έδωσε αγώνες διαβάθμισης με τον Εθνικό Πειραιώς και τον Ολυμπιακό Πειραιώς αντίστοιχα, για την πρόκριση στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα.
Το καλοκαίρι του 1931 αντιμετώπισε σε αγώνα διαβάθμισης τον Εθνικό Πειραιώς,[7] όπου ηττήθηκε στον πρώτο αγώνα με δυσκολία και κατόπιν συναρπαστικού αγώνα με 3-2[8] και στον δεύτερο αγώνα αναδείχθηκαν ισόπαλοι με 1-1 και έχασε την πρόκριση στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα.[9] Το 1932 ηττήθηκε σε αγώνα διαβάθμισης από τον Ολυμπιακό Πειραιώς με 6-1[10] και 2-0,[11] χάνοντας εκ νέου την ευκαιρία της συμμετοχής της στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα.
Τον Μάρτιο του 1947 η Άμυνα Κοκκινιάς συγχωνεύτηκε με τον αθλητικό σύλλογο «Α.Γ.Σ. Ηρακλής Κοκκινιάς» (υπήρχε από το 1926 και αποτελούσε καθαρά γυμναστικός και αθλητικός σύλλογος, διατηρώντας τμήματα στίβου, ποδηλασίας κ.α.)[13] και δημιουργήθηκε η «Αθλητική Ένωση Νικαίας»,[14] με την ονομασία να καθιερώνεται από το 1948. Υιοθέτησε τα ιδρυτικά στοιχεία της Άμυνας, έχοντας Αριθμό Μητρώου Ε.Π.Ο. 33 και αποτελώντας την ιστορική της συνέχεια.
Από το 1948-49 μετείχε συνεχώς ως «Α.Ε. Νικαίας» στην Α΄ κατηγορία Ε.Π.Σ. Πειραιώς, με καλύτερες χρονιές τις περιόδους 1951-52 και 1958-59, οπότε κατέλαβε την 3η θέση. Αξιοσημείωτο είναι πως το καλοκαίρι του 1952 μετέβη στη Σμύρνη, τον τόπο καταγωγής του συλλόγου και ιστορική συνέχεια της προσφυγικής Άμυνας Κοκκινιάς και έδωσε φιλικό αγώνα με την πρωταθλήτρια Σμύρνης, Αλτάι ΣΚ.[15]
Το 1997 δημιουργήθηκε η «Αθλητική Ένωση Νίκαια» έπειτα από συγχώνευση της Ελπίδας Νικαίας[18] με τον Α.Ο. Νίκαιας, ο οποίος προέκυψε το 1976 ύστερα από μετονομασία του Α.Π.Σ. Πίνδου Νίκαιας.[19] Έχει Αριθμό Μητρώου Ε.Π.Ο. 708,[20] βασιζόμενη στο καταστατικό των Α.Ο. Νικαίας και Α.Π.Σ. Πίνδος Νίκαιας και αποτελεί αναφορική ιστορική συνέχεια της πάλαι ποτέ Α.Ε. Νικαίας με επίσημο έτος ίδρυσης το 1948.
↑"Η ΑΘΛΗΤΙΚΗ ΕΝΩΣΙΣ ΝΙΚΑΙΑΣ ΕΙΝΑΙ ΤΟ ΜΟΝΟΝ ΣΩΜΑΤΕΙΟΝ ΤΗΣ ΚΟΚΚΙΝΙΑΣ ΠΟΥ ΔΙΑΤΗΡΕΙ, ΕΚΤΟΣ ΤΟΥ ΠΟΔΟΣΦΑΙΡΟΥ ΚΑΙ ΤΜΗΜΑΤΑ ΣΤΙΒΟΥ, ΑΘΛΟΠΑΙΔΙΩΝ ΚΑΙ ΠΟΔΗΛΑΣΙΑΣ", εφ. Αθλητική Ηχώ, 8/1/1950, σελ. 3
