Впродовж 1795—1914 років село знаходилося на російсько-австрійському кордоні, тут існував митний пост. Звідси і назва села.
Історія
ХІХ століття
У 1850 році в селі Митниця було всього 20 дворів. Земля належала Вітиславським та Раціборовським (3000 десятин). Після скасування кріпосного права в 1861 році Вітиславські почали продавати землю. В основному її купували Зельман, Гринь, Миць (500 десятин), Зимін. Селяни купували мало — через бідність. Одержавши малі наділи на сім'ю, селяни, що жили біля річки Стир у фільварках Вітиславського і Шувалова, переселяються на територію теперішнього села Митниця, ближче до своїх наділів[1].
Першими поселенцями були Бусь Андрій, Огороднік Ілля, Мишко Андрій, Ткачук Сидор, Огороднік Сафон, Матвійчук Кіндрат, Тернавський Василь. До них приєднались Сень, Додик, Колотинський, Ткачук, брати Матвєєви.[2]
Перед російсько-японською війною 1904р. група рекрутів з села була забрана в царську армію. Це Ґудзь Сафон, Калинович, Матвійчук Давид та інші. Із спогадів Матвійчука Давида: "Перед відправкою нашого полку на японський фронт офіцери вишикували його . Виступаючи, вони закликали солдат захищати царя-батюшку і отечество. Слова, сказані одним із офіцерів в кінці свого виступу, на все життя залягли мені в душу і в мене виникла ненависть до них. Він сказав: "Господа офіцери, тільки вас мені шкода. А цього гною (кивнувши в сторону солдат) вистачить".[2]
Післявоєнний період
У Митниці розташовувалась садиба колгоспу ім. ХХІ з'їзду КПРС, за яким було закріплено 3093 га землі, у тому числі 2282 га орної. У 1971 році споруджено комплекс виробництва свинини на кілька тисяч голів худоби.
За радянських часів у селі працювали восьмирічна школа, у якій 12 вчителів навчали 100 учнів, клуб, бібліотека, фельдшерсько-акушерський пункт.
Сучасність
12 червня 2020 року, відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України № 722-р від «Про визначення адміністративних центрів та затвердження територій територіальних громад Рівненської області», увійшло до складу Крупецької сільської громади Радивилівського району.[4]
19 липня2020 року, в результаті адміністративно-територіальної реформи та ліквідації Радивилівського району, село увійшло до складу Дубенського району[5].