Професійна кар'єра Зеєдорфа почалася на початку 1990-х років в нідерландському «Аяксі» у віці 16 років і 242 днів, що зробило його наймолодшим гравцем, який дебютував на професійному рівні за всю історію клубу. Зеєдорф зіграв свою роль у перемогах «Аякса» в чемпіонаті Нідерландів 1994 і 1995 року. Він також зіграв ключову роль у перемозі «Аякса» в Лізі чемпіонів УЄФА в 1995 році. З 1995 по 1996 роки провів сезон в «Сампдорії», відзначившись п'ятьма голами.
«Реал Мадрид»
Трансфер молодого півзахисника до мадридського «Реала» відбувся 1996 року. У своєму першому сезоні, Зеєдорф допоміг команді завоювати титул чемпіона Іспанії. У наступному сезоні Кларенс відіграв важливу роль у перемозі «Реала» в Лізі чемпіонів УЄФА, вигравши другий трофей УЄФА у своїй кар'єрі.
У кінці сезону 1998—1999 проходили переговори з туринським «Ювентусом» з обміну Зеєдорфа на Зінедіна Зідана зірвалися, що змусило Зідана прочекати ще близько двох років до трансферу в «Реал Мадрид».
Починаючи з літа 1999 року, під час того, як командою керував Гус Гіддінк роль Зеєдорфа в грі «Реала» ставала все менш значущою. Зрештою, Зеєдорф був змушений повернутися до Італії, цього разу до міланського «Інтернаціонале». Вартість трансферу склала близько 23 млн євро[5].
«Інтернаціонале»
«Інтернаціонале», діставшись не без допомоги Зеєдорфа до фіналу кубка Італії, заповітний трофей зрештою упустив. Однак, попри те, що нідерландському півзахисникові так і не вдалося принести міланському клубу трофеї, фанати «Інтера» надовго запам'ятають його за два забитих з великої відстані м'ячі в матчі проти туринського «Ювентуса», що завершився нічиєю 2:2[6].
«Мілан»
Провівши два сезони в «Інтері», Зеєдорф переходить до «Мілана» в обмін на Франческо Коко. У цьому сезоні «Мілану» вдалося виграти кубок Італії вперше за 26 років. Вигравши Лігу чемпіонів, Зеєдорф став першим футболістом в історії, який виграв Кубок Ліги чемпіонів з трьома різними клубами[3].
Наступний сезон, 2003—2004 років, приніс Кларенс Зеєдорф четверту перемогу в національному чемпіонаті. До двох нідерландських і одного іспанського титулу чемпіона додався титул чемпіона Італії.
Зеєдорф у грі проти «Реала»
В кінці сезону 2006—2007 Зеєдорф був визнаний найкращим півзахисником Ліги чемпіонів. Він зіграв свій 100-й матч у Лізі чемпіонів 4 грудня проти «Селтіка». У «Мілані» Зеєдорфу і його одноклубникам — Андреа Пірло та Дженнаро Гаттузо вдалося сформувати потужне тріо ще в сезоні 2002—2003 і проіснували понад 9 років — аж до початку сезону 2011—2012. Головним завданням трійці за часів Карло Анчелотті була підтримка атакуючих півзахисників, якими в різні часи були Рівалдо, Руй Кошта, Кака або Роналдінью.
У сезоні 2010—2011 «Мілану» вдалося через кілька років повернути собі «Скудетто», у досягненні якого Зеєдорф інколи грав вирішальну роль. У тому сезоні Кларенсу вдалося забити 4 голи, з'явившись на полі 36 разів. Зеєдорф додав ще один трофей у скарбничку «Мілана», зігравши важливу роль в ключовій перемозі над «Інтером» у Суперкубку Італії з рахунком 2:1[7]. Йому також вдалося забити ключовий гол у першому переможному матчі «Россонері» сезону 2011—2012.
Зеєдорф знаходиться на 7-му місці серед 20 найкращих гравців Ліги чемпіонів УЄФА з моменту її створення. Список був складений журналом «Champions», офіційним журналом УЄФА[8].
«Ботафого»
16 травня 2012 року Зеєдорф домовився з бразильським клубом «Ботафогу», в якому буде отримувати близько 45 000 євро на тиждень. 30 червня гравець підписав з клубом контракт на два роки[9]. Дебютував 22 липня у матчі проти «Греміу»[10].
14 січня 2014 року оголосив про завершення ігрової кар'єри[11].
Тренерська кар'єра
16 січня голландський фахівець підписав контракт з «Міланом» до 30 червня 2016 року[12]. Кларенс Зеєдорф став першим голландським тренером, який очолив команду Серії А. 19 січня «Мілан» у першому матчі під керівництвом Зеєдорфа здолав «Верону» (1:0).
Прихід нового тренера не приніс якісних поліпшень в грі команди й до кінця чемпіонату «Мілан» втратив практично всі шанси потрапити в «зону єврокубків» Серії А. У зв'язку з цим клуб захотів закінчити співпрацю з голландцем до закінчення чемпіонату[13].
