Історія інституту починається з 1957 року, коли на базі лабораторії обчислювальної математики та техніки Інституту математики АН УРСР був заснований Обчислювальний центр Академії наук УРСР, перетворений в 1962 році в Інститут кібернетики, на який покладались завдання розвитку обчислювальної техніки і кібернетики та їх застосування в усіх галузях господарства, науки, оборони. Саме у згаданій лабораторії у 1950 році під час перебування її у складі Інституту електротехніки АН УРСР під керівництвом академіка С. О. Лебедєва було створено першу в СРСР і континентальній Європі ламповуМалу електронну лічильну машину (рос.МЭСМ)[1].
Засновник і перший директор інституту (до 1982 року) — академік Віктор Глушков.
Інститут став колискою вітчизняних наукових кадрів в галузі кібернетики, інформатики, обчислювальної техніки. Вченими інституту створені всесвітньо відомі наукові школи з математичної кібернетики та теорії обчислювальних машин і систем, теорії оптимізації та системного аналізу, математичного моделювання, математичної теорії надійності, теорії програмування та ін.
Станом на 2024 рік в інституті працює близько 500 співробітників, серед яких 13 членів Національної академії наук України, 46 докторів та понад 129 кандидатів наук.
При інституті діють спеціалізовані вчені ради з захисту докторських та кандидатських дисертацій та працює кафедра Київського академічного університету. Аспірантура та докторантура інституту ведуть підготовку з широкого спектра спеціальностей в галузі інформатики. За часи існування в інституті підготовлено близько 250 докторів та більше 1000 кандидатів наук, видано понад 400 монографій і опубліковано декілька десятків тисяч статей, одержано сотні авторських свідоцтв.
Лавріщева Катерина Михайлівна — завідувачка лабораторії автоматизації програмування (1963—1975), відділу проєктування програмного забезпечення (1975—1980) та відділу програмної інженерії (1980—1992).
Михалевич Володимир Сергійович — завідувач відділу економічної кібернетики (1962—1994), заступник директора з наукової роботи (1962—1982), директор інституту (1982—1994).
Палагін Олександр Васильович — завідувач відділу мікропроцесорної техніки (з 1982) та відділення комп'ютерних засобів і систем, заступник директора з наукової роботи (з 1984).
Парасюк Іван Миколайович — завідувач відділу методів та технологічних засобів побудови інтелектуальних програмних систем (1992—2014).
Фаль Олексій Михайлович — провідний науковий співробітник відділу математичних методів теорії надійності складних систем.
Хіміч Олександр Миколайович — завідувач відділу чисельних методів та комп'ютерного моделювання (з 2004) та відділення математичної кібернетики та системного аналізу, заступник директора з наукової роботи.
Шило Володимир Петрович — провідний науковий співробітник відділу методів дискретної оптимізації, математичного моделювання та аналізу складних систем.
Засновником і директором інституту до 1982 року був академік Віктор Глушков, ім'я якого сьогодні носить інститут. З 1982 року по 1994 рік інститут очолював академік Володимир Михалевич. З 1995 року інститут очолює академік Іван Сергієнко.
Институт кибернетики имени В. М. Глушкова — колыбель микроэлектронной базы компьютерных систем: монография / Васюхин М. И. ; Нац. ун-т биоресурсов и природопользования Украины. — Киев: Компринт, 2016. — 289 с. : ил., портр. — Библиогр.: с. 287—289 (46 назв.). — ISBN 978-966-929-420-3