Antik Karya bölgesinin en eski yerleşimlerinden biri olan Muğla, bilinen tarihi boyunca başlangıçta Anadolu'nun yerli halkı Karyalıların, ardından kısmen ve kısa dönemler halinde Mısır, Asur ve İskit işgallerinin, zamanla da özellikle kıyılarda Helenistik kolonizasyon hareketinin egemenliği altında kalmıştır. Önce Medler, daha sonra Persler Muğla'yı idareleri altında almışlar ve bölgeyi bir satrap aracılığıyla yönetmişlerdir. Büyük İskender'in ordularıyla gelişinde Muğla bölgesi bir Karya satrapı tarafından yönetilmekte idi.
'Karya' isminin bölgeye MÖ 3400 yıllarında gelen kavimlere önderlik etmiş 'Kar' isimli bir komutandan kaynaklandığına ilişkin tezler öne sürülmektedir. Bölge çağlar boyunca Karya olarak anılmış ve kuzeyde Söke, Aydın, Nazilli üzerinden başlayıp güneyde Dalaman Çayının denize döküldüğü yerde biten Karya bölgesi, kuzeyinde Lidyalıların, güneyinde Likyalıların ve Anadolu içlerinde de Frigyalıların hüküm sürdüğü bölgelere komşu olmuştur.
Kavimleri Karya bölgesine kıyılardan başlayan çok uzun bir süreçte nüfuz etmişlerdir. Knidos (Datça yarımadasının ucu) ve Halikarnas (Bodrum) ile başlayan Helen kolonizasyonu ile zamanla Daldala (Dalaman), Stratonikea (Yatağan Eskihisar), Nakrasa (Karakuyu), Akassos (Bozüyük) ve Fethiye çevresinde de Telmessos, Xantos (Kınık), Patara (Minare) ve Tlos (Eşen) kentleri kurulmuştur.
MÖ 334 yılında Karya'ya gelen Büyük İskender, Perslerin çekilmesiyle ortaya çıkmış kardeşlerarası bir saltanat kavgasıyla karşılaştı. Kardeşlerden Ada, kocası Hidrieus ve ağabeyi ile Mausolus, karısı Artemisia ve kız kardeşi, diğer kardeş olan Piksodaros'un isyanı ile karşı karşıyaydılar ve bu nedenle kuzeye Alinda'ya (Karpuzlu) çekilmişlerdi. Ada Alinda'nın anahtarlarını Büyük İskender'e göndererek kendisini annesi olarak kabul etmesini istedi. İskender de bu isteği kabul ederek Ada'yı Karya satraplığına getirdi. Ancak ertesi yıl İskender'in Likya'ya geçmesiyle Piksodaros ablası satrap Ada'yı öldürerek yerine geçti. İskender'in haznedarı Filotas'ı satraplığa ataması da asayişi sağlamadı ve İskender'in uzaklaşmasıyla bölge Bergama ve Roma egemenliğine kadar (yaklaşık iki yüzyıl) sürecek bir anarşi döneminin içine düştü. 395'te Roma İmparatorluğu'nun ikiye ayrılmasıyla da Karya Bizans İmparatorluğu içinde kaldı.
Muğla ili tarihî kalıntılar açısından son derece zengin olup, sınırları içinde 103 ören yeri bulunmaktadır.
Osmanlı dönemi
Muğla, kadim medeniyetlere ev sahipliği yapmış ve her devirde önemini korumuş bir bölgedir. İslam hâkimiyetinden önceki medeniyetler tarafından Karya, İslam hâkimiyeti sonrasında da Menteşe ismini alan bölgenin ismini nereden aldığı konusu açık değildir. Evliya Çelebi, Seyahatnamesinde Muğla ismi konusunda şunları
Sene (…) tarihinde büyük bir savaş olmuş ve Rum keferesinin elinden Menteşe Oğlu Darahikey Veziri Muğlı Bey fethetmiştir. Muğlı Bey Mahan memleketinde Muhammed ’i rüyasında görüp daha sonra ulemanın huzurunda İslamiyeti kabul etmiştir. Muğla Kalesi’ni fethettikten sonra ise bu şehrin ismi Muğla diye anılmaya başlanmıştır. Farsça'da 'Muğ' kafir anlamına gelmektedir. Muğlı Bey Müslüman olduktan sonra birçok hizmetler yapmış ve birçok gazaya katılmıştır.[4]
Evliya Çelebi, Muğla isminin kaynağını bu şekilde yazsa da bu bilgiler doğrulanamamıştır. Büyük olasılıkla Muğla ismi, antik çağdaki ismi olan Mobolla'nın bozulmasıyla ortaya çıkmıştır. Mobolla ismi daha sonraki Türk hakimiyeti sırasında 'Mogola' olsa da[5] 1307 (m. 1889) Aydın Vilayetisalnâmesinde ise 'Mobella' olarak belirtilmektedir.[6]
Muğla'da ilk yerleşimlerin ne zaman başladığı hakkında önemli bir bilgi yoktur. Fakat kentin eskiden İç Karya olarak adlandırılan bölgede yer aldığı bilinmektedir. Karya'nın MÖ 2000'de Hititlerce de bilinen bir medeniyet olduğu göz önüne alınırsa Muğla'da yerleşimin bu tarihlere kadar geriye gittiği söylenebilir. Bazı kaynaklarda da bu bölgeye ilk yerleşenlerin Hititler olduğu yazılıdır. Sırasıyla Frig, Lidya, Pers, Makedon, Bergama Krallığı ve Roma hakimiyetini yaşayan şehir, Menteşe Bey tarafından 1284'te alınmasıyla ilk defa Türk hâkimiyetine girdi.
Yıldırım Beyazıd tarafından 1391'de Osmanlı hâkimiyetine giren Muğla'daki bu ilk Osmanlı hakimiyeti geçici olmuş, şehir 1402'de Timur tarafından alınmış ve nihayetinde 1425 yılında II. Murat devrinde tam anlamıyla Osmanlı devletine bağlanmıştır. Kentin siyasi önemi Osmanlı devrinde daha da artmıştır, çünkü Menteşe Beyliği devrinde bu bölgenin yönetim merkezi Milas iken, Osmanlı devleti bu yeni sancağın yönetim merkezi olarak Muğla'yı seçmiştir.
Muğla, Osmanlı devleti dönemi boyunca dışarıya kapalı küçük bir şehir olarak kaldı. I. Dünya Savaşı'ndan yenik çıkan Osmanlı İmparatorluğu toprakları İtilaf Devletleri tarafından paylaşılınca Muğla 11 Mayıs 1919 tarihinde İtalya tarafından işgal edildi. Anadolu'nun işgali sırasında Muğla'da Kocahan Mitingi düzenlenmiş ve tüm Anadolu şehirleri gibi Muğla'nın da bu işgallere direneceği ilan edilmiştir. Bunun üzerine kentte Vatan Müdafaa Cemiyeti, Serdengeçtiler Müfrezesi, Muğla Kuvayi Milliyesi gibi direniş komiteleri kurulmuştur. 1920'de Ankara'da açılan 1. Dönem meclisine 6 milletvekili gönderen kent İtalyanlar'ın kentte fazla etkin olmamasından yararlanarak Menderes boyunca başlayan Yunan işgaline karşı kurulan direniş faaliyetlerine katılmıştır. Ege'de 57. Tümenden kalanlarla birleşen gönüllüler, Aydın çarpışmalarında düşmana ağır kayıplar verdirmişlerdir. Ege illeri arasında Muğla işgal sırasında en fazla şehit veren il olmuştur. İç durumun karışıklığı, Yunanlar ve işgal ettiği yörelerde ekonomik egemenlik kurma düşüncesine dayanan İtalyan politikasını Muğla halkı işgal süresince kurnazca değerlendirmiş, iki ateş arasında kalmaktan kurtulmuş. Anadolu'daki durumun kötüye gittiğini anlayan İtalya, 2. İnönü Zaferi kazanıldıktan sonra ülkesindeki iç siyasal dalgalanmalarını öne sürerek 5 Temmuz 1921'de Muğla'dan ayrılmıştır.
Cumhuriyet dönemi
Cumhuriyetin kurulmasından sonraki idari yapılanmada Muğla ilinin yönetim merkezi olan şehir, dağlık yapısı ve dışarıya açılan elverişli bağlantı yollarına sahip olmadığından gelişememiştir. Yıllarca sadece il merkezi olmasının verdiği hareketlilikle gelişmeye çalışan Muğla son yıllarda özellikle üniversitenin açılması, yeni sanayi bölgesinin kurulması ve turizm faaliyetlerinin de artmasıyla dışarıya açılmaya ve gelişmeye başlamıştır.
2012 yılında çıkarılan 6360 sayılı kanun ile Muğla'da sınırları il mülki sınırları olan büyükşehir belediyesi kuruldu ve 2014 Türkiye yerel seçimlerinin ardından büyükşehir belediyesi çalışmalarına başladı.[7]
^İsmail Hakkı Uzunçarşılı, Anadolu Kitabeleri 2. Kitap Afyonkarahisar, Sandıklı, Bolvadin, Çay, İsaklı, Manisa, Birgi, Muğla, Milas, Peçin, Denizli, Isparta, Atabey ve Eğridir, İstanbul 1929, s.150
^"1935 Genel Nüfus Sayımı"(PDF). 20 İlkteşrin 1935 Genel Nüfus Sayımı. DİE. 2 Haziran 2021 tarihinde kaynağından(PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2021.
^ . "1945 Genel Nüfus Sayımı"(PDF). 21 Ekim 1945 Genel Nüfus Sayımı. DİE. 15 Ağustos 2019 tarihinde kaynağından(PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2021.
^ . "1955 Genel Nüfus Sayımı"(PDF). 23 Ekim 1955 Genel Nüfus Sayımı. DİE. 2 Haziran 2021 tarihinde kaynağından(PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2021.