Det var dock först under den sassinidiske kejsaren Khosrau I (531-579), som kallades Anushiravan, "Odödliga själen", och av greker och romare var känd som Chosroes, som Gundishapur blev känd för sin medicinska vetenskap. Khosrau gav olika grekiska filosofer, syriska kristna, och nestorianer på flykt, asyl undan religiösa förföljelser i Bysantinska riket. Sasaniderna hade länge krigat mot romarna och bysantinerna om områdena som numera kallas Irak och Syrien, och såg flyktingarna som sina naturliga bundsförvanter.
Kungen gav flyktingarna i uppdrag att översätta grekiska och syriska texter till pahlavi. De översatte diverse arbeten om medicin, astronomi, filosofi och användbara hantverk. Filosoferna, till exempel nyplatonikernSimplikios, sägs dock ha vantrivts i Persien och skall ha återvänt till Grekland.
Khosrau vände sig också mot öster, och skickade den berömde läkaren Borzouye för att bjuda in indiska och kinesiska lärde till Gundishapur. Dessa besökare översatte indiska texter i astronomi, astrologi, matematik och medicin, och kinesiska texter i örtmedicin och religion. Borzouye uppges själv ha översatt Pañcatantra från sanskrit till persiska med titeln Kalila u Dimana.
Gundishapurs betydelse
Enligt Cyril Elgood i A Medical History of Persia, kom Gundishapurakademin att spela en avgörande roll för den medicinska vetenskapen: "i stor utsträckning, måste äran till hela sjukvårdssystemet tillskrivas Persien"[3]. Bortsett från att systematisera den medicinska behandlingen och kunskapen, gav de lärde också medicinsk undervisning; snarare än att handledas av en läkare, krävdes att medicinstudenterna arbetade på sjukhus under översikt av hela den medicinska fakulteten.
Akademin behöll sitt rykte i Iran långt in på medeltiden vilket framgår av Nizami Aruzis beskrivning av iranska lärde i furstespegeln Fyra skrifter (Chahār maqāle).[5]
Gundishapurakademin under muslimerna
Sasanidernas dynasti föll till de muslimska araberna år 638. Akademin överlevde denna politiska förändring, och fanns kvar under flera århundraden efter muslimernas erövring som ett institut för högre vetenskap. Det utkonkurrerades dock av ett lärosäte som abbasiderna grundade i deras huvudstad Bagdad. År 832 grundade kalifenal-Ma'mūn det berömda Baytu l-Hikma, Visdomens hus. Metoderna som använts vid Gundishapurakademin övertogs i högsta grad av Visdomens hus, emedan dess personal hade tagit examen där. Det förmodas att Visdomens hus lades ner under Al-Mutawakkil, Al-Ma'mūns efterträdare. Vid det laget hade dock det abbasidska kalifatets lärocentrum definitivt förflyttats till Bagdad, och av den anledningen finns få hänvisningar till Gundishapurakademin i samtida litteratur.
Lärosätets betydelse avtog gradvis. Enligt LeStranges kompendium över arabiska geografer (1905), beskrevs Gundishapur av 900-talsförfattaren Muqaddasi som förfallet.[6]
Under Pahlavidynastin blev arvet från Gundishapur uppmärksammat, genom grundandet av Jondishapour University och dess tvillinginstitution Jondishapur University of Medical Sciences, belägna nära staden Ahvaz1959.[8] Jondishapur University bytte namn till Shahid Chamran University of Ahvaz 1981 till minnet av Mostafa Chamran.
Den första kvinna som någonsin utsetts till rektor för ett universitet i Iran, Dr. Talat Basari, fick denna befattning vid detta universitet under mitten av 1960-talet, och 1968 utformades planerna till det moderna campuset av den berömde arkitekten Kamran Diba.[9]
Antikens Gundishapur genomgår arkeologiska undersökningar, med utgrävningar som började på 2000-talet.[10]