Капитулација Краљевине Југославије априла 1941. године затекла га је код куће. Одмах се укључио у припреме које је КПЈ вршила за устанак. По избијању Тринаестојулског устанка 1941. године у Црној Гори, Рако је ступио у Горичку устаничку чету, са којом је неколико дана боравио у Љешанској нахији, а затим је са четом, у саставу Љешкопољског устаничког батаљона, учествовао у борби на Вељем брду. У другој половини новембра 1941. године, као борац Зетског батаљона (Љешкопољско-љешанска чета) Црногорског НОП одреда за операције у Санџаку, пошао је у Санџак и 1. децембра исте године учествовао у бици код Пљеваља. У тој борби истакао се као бомбаш. Са још два друга бомбаша омогућио је чети приступ окупаторском војном логору у Доловима на периферији Пљеваља, који чета ипак није могла да освоји и поред великих жртава (девет погинулих и 17 рањених).
После Пљеваљске битке, остао је у Санџаку и као борац Зетско-подгоричке чете ушао је у састав Првог црногорског комбинованог батаљона Црногорско-санџачког НОП одреда, у коме је остао све до расформирања тог одреда, почетком марта 1942. године. Као борац и кандидат за члана КПЈ истакао се у свим борбама које је његова јединица водила у Санџаку, а посебно у борби против четникаПавла Ђуришића на планини Лиси, почетком фебруара 1942. године.
Почетком марта 1942. године, вратио се на терен Подгоричког среза у јеку жестоких борби које су партизанске јединице водиле против окупатора и његових сарадника. Љешкопољски НОП батаљон се у то време расформирао и Рако је ушао у састав новоформираног комбинованог Љешкопољско-љешанско-подгоричког батаљона. Крајем истог месеца, на бази погрешне одлуке руководства, тај батаљон био је расформиран, а његово људство враћено у позадину, на терен који су окупатор и четници већ били заузели. У датим условима, највећи број бораца расформираног батаљона неминовно је пао у руке непријатеља, који је више десетина бораца стрељао. Рако Мугоша је био међу онима који су остали живи и који су после два-три месеца пуштени из затора.
Одмах по доласку из затвора, Мугоша се укључио у политички живот и био један од најактивнијих на терену у одржавању веза са партизанима—илегалцима, нарочито са Душаном Вуковићем и Миланом Раичковићем. Између осталих задатака, одржавао је везу са илегалним радницима за Народноослободилачки покрет (НОП) у Подгорици и отуда износио пропагандни и други материјал, изводио поједине активисте НОП-а и слично. Тада је, новембра 1942. године, био примљен у чланство КПЈ.
