Био је ученик архиепископа Саве II из времена док је Сава још био епископ. Заједно су били у Светој земљи и на Светој гори одакле су се затим вратили у Србију. После тога Јоаникије се поново вратио на Свету гору у Хиландар, где је око 1255/56. био економ да би око 1257. постао игуман Хиландара. Тај положај је напустио пре 1262/63. јер се тада као игуман Хиландара спомиње Јевстатије.
Када се поново вратио у Србију постао је игуман манастира Студенице. То је једини познати пример у старој српској држави да је једна особа била игуман ова два манастира.
Након смене Данила I због неког преступа 1272. се приступило пажљивом бирању следећег архиепископа. О томе сведочи архиепископ Данило II: „И пошто су много тражили, не нађоше никога другога достојна такве власти, осим овога блаженога Јоаникија, који је у то време био игуман дома пресвете Богоматере, места званога Студеница“.
У време његове управе српском црквом, византијски цар Михаило VIII, који је обновио Византију (1261), са Латинима је склопио унију у Лиону 1274. После две године, 1276. краљ Урош I (1243—1276) је био збачен са престола од сина Драгутина, коме није по обећању уступио пола своје државе. Тада се и архиепископ Јоаникије повлачи са архиепископског трона са краљем и пријатељем Урошем I, који ускоро умире као монах Симон; затим је у Захумљу 1279. умро и архиепископ Јоаникије I. Њихова тела (мошти) пренела је краљица Јелена Анжујска и сахранила у манастиру Сопоћанима, задужбини свог мужа краља Уроша I.
