PyMOL

PyMOL
PyMOL logo
AvtorWarren Lyford DeLano
RazvijalecSchrödinger, Inc.
Začetna izdaja2000 (2000)
Stabilna izdaja9 april 2024
Programski jezikC, C++, Python
OSvečplatformski: macOS, Unix, Linux, Windows
OkoljeIA-32, x86-64
Razpoložljivi jezikiangleščina
TipMolekularno modeliranje
LicencaOriginalno Python License,[1] now proprietary[2]
Spletno mestopymol.org/2/

PyMOL je odprtokodni, vendar lastniški[2] sistem molekularne vizualizacije, ki ga je ustvaril Warren Lyford DeLano. Sprva ga je komercializiralo podjetje DeLano Scientific LLC, ki se ukvarja z ustvarjanjem uporabnih orodij, ki naj bi bila univerzalno dostopna znanstvenim in izobraževalnim skupnostim. Trenutno ga trži Schrödinger, Inc. PyMOL lahko ustvari visokokakovostne 3D slike majhnih molekul in bioloških makromolekul, kot so beljakovine.

PyMOL je eno redkih večinoma odprtokodnih orodij za vizualizacijo modelov, ki so na voljo za uporabo v strukturni biologiji. Del imena Py se nanaša na program napisan v programskem jeziku Python.

Barve elementov

PyMOL uporablja barvanje kroglic po elementih.

Periodni sistem elementov, ki za ozadje uporablja PyMOL barve elementov[3]
① VodikH#e5e5e5 He­lijHe#d8ffff
② Li­tijLi#cc7fff Beri­lijBe#c2ff00 BorB#ffb5b5 OgljikC#33ff33 Du­šikN#3333ff Ki­sikO#ff4c4c FluorF#b2ffff NeonNe#b2e2f5
③ Na­trijNa#aa5cf2 Magne­zijMg#8aff00 Alumi­nijAl#bfa5a5 Sili­cijSi#f0c79f Fos­forP#ff7f00 ŽveploS#e5c53f KlorCl#1ef01e ArgonAr#7fd0e2
④ KalijK#8f3fd3 Kal­cijCa#3cff00 Skan­dijSc#e5e5e5 TitanTi#bfc2c7 Vana­dijV#a5a5aa KromCr#8a99c7 Man­ganMn#9c7ac7 Žele­zoFe#e06633 KobaltCo#f08f9f Ni­keljNi#4fd04f BakerCu#c77f33 CinkZn#7c7faf GalijGa#c28f8f Germa­nijGe#668f8f ArzenAs#bd7fe2 SelenSe#ffa000 BromBr#a52929 Krip­tonKr#5cb7d0
⑤ Rubid­ijRb#6f2eaf Stron­cijSr#00ff00 ItrijY#94ffff Cirko­nijZr#94e0e0 Nio­bijNb#72c2c8 Molib­denMo#54b5b5 Teh­nicijTc#3a9d9d Rute­nijRu#248f8f Ro­dijRh#097c8c Palad­ijPd#006984 SrebroAg#bfbfbf Kad­mijCd#ffd88f IndijIn#a57472 Kosi­terSn#667f7f Anti­monSb#9d62b5 TelurTe#d37a00 JodI#940094 Kse­nonXe#419daf
⑥ Ce­zijCs#57168f Ba­rijBa#00c800 1 asterisk Lute­cijLu#00aa24 Haf­nijHf#4cc2ff Tant­alTa#4ca5ff Volf­ramW#2194d5 Re­nijRe#267caa OsmijOs#266695 IridijIr#165487 Plat­inaPt#d0d0e0 ZlatoAu#ffd023 Živo­srebroHg#b7b7d0 TalijTl#a5544c SvinecPb#575961 Biz­mutBi#9d4fb5 Polo­nijPo#aa5c00 AstatAt#744f44 RadonRn#418295
⑦ Fran­cijFr#410066 Ra­dijRa#007c00 1 asterisk Lavren­cijLr#c70066 Rader­fordijRf#cc0059 Dub­nijDb#d0004f Si­borgijSg#d80044 Bor­ijBh#e00037 Ha­sijHs#e5002e Majt­nerijMt#ea0026 Darm­štatijDs– Rent­genijRg– Koper­nicijCn– Nihon­ijNh– Flerov­ijFl– Moskov­ijMc– Liver­morijLv– TenesTs– Oga­nesonOg–

1 asterisk Lan­tanLa#6fd3ff CerijCe#ffffc7 Praze­odimPr#d8ffc7 Neo­dimNd#c7ffc7 Prome­tijPm#a2ffc7 Sama­rijSm#8fffc7 Evro­pijEu#61ffc7 Gadoli­nijGd#44ffc7 Ter­bijTb#2fffc7 Dispro­zijDy#1effc7 Hol­mijHo#00ff9c ErbijEr#00e574 TulijTm#00d351 Iter­bijYb#00bf37
1 asterisk Aktin­ijAc#6faafa Tor­ijTh#00baff Protak­tinijPa#00a0ff UranU#008fff Neptu­nijNp#007fff Pluto­nijPu#006aff Ameri­cijAm#545cf2 KirijCm#775ce2 Berkel­ijBk#8a4fe2 Kalifor­nijCf#a036d3 Ainštaj­nijEs#b21ed3 Fer­mijFm#b21eba Mende­levijMd#b20ca5 Nobel­ijNo#bd0c87

Galerija

  • Primer nekaterih funkcij za urejanje molekul PyMOL, rotacije diedrske vezi in interaktivne molekularne relaksacije z Sculpting mode. o so uporabne funkcije za pripravo vhodne geometrije za programsko opremo kvantne kemije
  • Struktura istih beljakovin (TEV proteaza - PDB: 1LVB​) upodobljena na različne načine.
    Struktura istih beljakovin (TEV proteaza - PDB: 1LVB​) upodobljena na različne načine.

Glej tudi

Sklici

  1. ↑ »PyMOL Molecular Graphics System«. SourceForge.
  2. ↑ 2,0 2,1 »Open-Source PyMOL«. Schrodinger, Inc. 5. november 2021. Pridobljeno 7. novembra 2021.
  3. ↑ »Color Values«. pymolwiki. 2010. Pridobljeno 4. septembra 2021.

Zunanje povezave