В середине XIX века Паньково относилось к Городковскому приходу Прасковьинской волости Старицкого уезда[2]. Тогда Паньково и земли окрестных деревень принадлежали помещикам Кротовым, Голубковым, Казнаковым, Головиным[2].
В 1859 году в Паньково был 31 двор и 172 жителя, в 1886 году их число возросло до 45 дворов и 306 жителей. Жители Паньково занимались земледелием, скотоводством и торговлей.
В 1919 году Паньково стало центром Паньковского сельсовета Прасковьинской волости Старицкого уезда и насчитывало тогда 60 дворов и 215 жителей[2].
Во время Великой Отечественной войны в окрестностях Паньково шли ожесточённые бои. 31 декабря 1941 года части 174-й стрелковой дивизии вместе с 908-м и 915-м полками 246-й стрелковой дивизии освободили Паньково и окрестные деревни. С октября 1941 года в Паньково находится братская могила воинов, павших в Великую Отечественную войну.[2]
В советское время в деревне размещалось правление колхоза «Искра», АТС, неполная средняя школа, детский сад, дом народного творчества, библиотека, медпункт, отделение связи, столовая, магазин[2].
В 1997 году в деревне насчитывались 103 хозяйства и 320 жителей[2].
В деревне имеются Паньковская основная общеобразовательная школа (открыта в 1979 году), детский сад, кабинет врача общей практики, отделение почтовой связи.