Acertou com o Fluminense no dia 21 de março de 2011, chegando para o cargo de auxiliar-técnico permanente.[3] No entanto, comandou o elenco principal três dias depois numa partida contra o América do México, válida pela Copa Libertadores da América.[4] Dirigiu interinamente a equipe em treze oportunidades até a chegada do técnico titular Abel Braga.[5]
Em dezembro, não renovou o contrato com o Goiás após a boa campanha no Campeonato Brasileiro e deixou o clube.[7]
Grêmio
O Grêmio anunciou Enderson em 16 de dezembro de 2013 com seu treinador para 2014, em substituição a Renato Gaúcho.[8] Permaneceu no cargo até 27 de julho de 2014, após derrota em casa diante do Coritiba pela 12ª rodada do Campeonato Brasileiro.[9]
Santos
Em 3 de setembro de 2014, foi contratado pelo Santos e assinou contrato até o final do ano seguinte.[10] Com ele, a equipe concluiu o Campeonato Brasileiro na nona posição. Seis meses depois, em 5 de março de 2015, Enderson deixou o cargo em comum acordo com o Peixe.[11] Insatisfação com pedidos negados de contratações e direitos de imagem em atraso foram os motivos, segundo o então presidente do Santos, Modesto Roma Júnior.[12]
Atlético Paranaense
Onze dias depois de deixar o Santos, assumiu o comando técnico do Atlético Paranaense em 16 de março.[13] Depois de 34 dias e oito jogos, onde conquistou apenas 50% de aproveitamento, Enderson Moreira foi demitido.[14]
Retorno ao Fluminense
Retornou ao comando técnico do Fluminense em 21 de maio de 2015, assinando até o final do ano.[15] O treinador foi demitido no dia 16 de setembro, após a equipe sofrer uma goleada por 4 a 1 para o Palmeiras, completando sete jogos sem vitória no Campeonato Brasileiro.[16] Enderson comandou o time por 26 jogos e nesse período venceu 11 vezes, empatou quatro e perdeu 11 — aproveitamento de 47,4%.[16]
Retorno ao Goiás
Acertou seu retorno ao Goiás em dezembro de 2015, com vínculo até o final de 2016.[17] Depois de uma eliminação para o River-PI na Copa do Brasil, o técnico acabou conquistando o Campeonato Goiano de 2016 pelo Esmeraldino. Em junho, após maus resultados, entregou o cargo e deixou a equipe.
América Mineiro
Foi anunciado pelo América Mineiro no dia 20 de julho, assinando até o final do Campeonato Mineiro de 2017. O treinador chegou com a difícil missão de salvar o clube do rebaixamento no Campeonato Brasileiro, pois o clube se encontrava numa difícil situação, na lanterna do campeonato com apenas oito pontos em 15 jogos.[18]
Numa campanha irretocável, superou o gigante Internacional e sagrou-se campeão da Série B de 2017 com o Coelho, devolvendo o América à elite nacional.[19]
Bahia
Em 16 de junho de 2018, o América Mineiro comunicou que Enderson Moreira pediu demissão do clube para comandar o Bahia.[20]
No dia 31 de março de 2019, com a eliminação precoce da Copa do Nordeste, foi demitido do clube baiano.[21]
Ceará
Foi anunciado como novo treinador do Ceará no dia 22 de abril de 2019, chegando após a demissão do técnico Lisca. Após um jejum de oito jogos no Campeonato Brasileiro, foi demitido em 1 de outubro.
Retorno ao Ceará
Depois da demissão de Argel Fucks, o Ceará acertou o retorno de Enderson no dia 9 de fevereiro de 2020.[22] Após 10 partidas no comando da equipe, o treinador pediu demissão e anunciou que iria para o Cruzeiro. Em sua segunda passagem pelo clube cearense, Enderson obteve seis vitórias e quatro empates, tendo assim um aproveitamento de 73,3%.[23]
Cruzeiro
Chegou ao Cruzeiro no dia 18 de março de 2020, substituindo Adílson Batista, que havia sido demitido. Enderson assumiu a equipe celeste com a missão de levar o clube, novamente, à primeira divisão nacional.[24]
No dia 29 de agosto, após uma derrota 2 a 1 para o rival América, o empresário Pedro Lourenço, então patrocinador da equipe, disse que tiraria o patrocínio caso Enderson Moreira não fosse demitido.[25]
Após seis partidas sem vencer, o treinador foi demitido do cargo no dia 8 de setembro.[26]
Retorno ao Goiás
Após a demissão de Thiago Larghi, Enderson teve o seu retorno oficializado pelo Goiás no dia 28 de setembro de 2020.[27]
Foi demitido em 17 de novembro, após 10 partidas sem conseguir nenhuma vitória.[28]
Fortaleza
Em 7 de janeiro de 2021, assinou com o Fortaleza até o fim do ano.[29]
Foi demitido em 24 de abril, após uma eliminação na semifinal da Copa do Nordeste.[30]
Botafogo
Em 20 de julho de 2021, após um início de campanha abaixo do esperado na Série B, foi contratado pelo Botafogo para buscar o acesso à primeira divisão.[31] Coincidentemente, sucede Marcelo Chamusca, treinador que também sucedeu ao assumir o Fortaleza, alguns meses antes.[31]
O treinador retornou ao Tricolor de Aço em junho de 2022, após a demissão de Guto Ferreira, chegando para comandar a equipe na Série B. Tricampeão da competição, Enderson assinou contrato válido até dezembro.[34]
Sport
No dia 18 de novembro de 2022, Enderson foi anunciado pelo Sport para a temporada 2023.[35] Estreou pelo Leão no dia 11 de janeiro, num empate em 1 a 1 contra o Maguary, fora de casa, válido pelo Campeonato Pernambucano.[36] Conquistou sua primeira vitória pela equipe no jogo seguinte, contra o Petrolina, com um triunfo por 2 a 0 na Ilha do Retiro.[37]
Depois de uma vertiginosa queda de rendimento no segundo semestre, com o clube deixando o G-4 da Série B, o treinador teve a sua saída confirmada no dia 19 de novembro, deixando o Sport em comum acordo.[38]
Sporting Cristal
Foi anunciado pelo Sporting Cristal, do Peru, em 24 de novembro de 2023, cinco dias após deixar o Sport. Enderson chegou para substituir o também brasileiro Tiago Nunes, que havia deixado a equipe rumo ao Botafogo.[39] O treinador comandou o time peruano em 19 partidas e perdeu a possibilidade de ganhar o Apertura por conta do saldo de gols, ficando no segundo lugar, atrás do Universitario, que teve um gol a mais. A principal derrota da equipe na temporada foi em fevereiro, quando o Sporting Cristal sofreu uma goleada por 6 a 1 para o Always Ready, da Bolívia, pela fase preliminar da Libertadores.[40] Três meses depois do time não conseguir os dois principais objetivos do primeiro semestre, o presidente do clube confirmou a saída de Enderson Moreira em maio de 2024. Nos 19 jogos em que comandou a equipe peruana, o treinador obteve 14 vitorias, um empate e quatro derrotas.[41]
Avaí
Teve a sua contratação oficializada pelo Avaí no dia 5 de agosto de 2024, chegando para substituir Gilmar Dal Pozzo.[42]
