Como jogador, iniciou a carreira no Santos. Fez parte do elenco de 1978 que foi campeão paulista, cujo time ficou conhecido como a primeira versão dos "Meninos da Vila".
Em 27 de fevereiro de 2012, depois da má campanha do Comercial no Campeonato Paulista de 2012, que culminaria no seu rebaixamento, Márcio Fernandes foi demitido do cargo de treinador da equipe do interior do Estado[9]. Meses depois acertou, com o Brasiliense, para ser o novo treinador.
Em 25 de Fevereiro foi confirmada a sua contração para o comando do Vila Novapara o restante do goiano 2015. Para além, Marcio levou a equipe goiania ao título da Terceira Divisão nacional no mesmo ano.
No dia 24 de fevereiro de 2016, após 5 jogos no comando da equipe no Campeonato Goiano (com uma vitória, três empates e uma derrota), Marcio entregou o cargo da equipe.
No dia seguinte, já dava declarações como o novo comandante do Botafogo Futebol Clube de Ribeirão Preto. Atual campeão da série C pelo clube goiano, Marcio defenderá seu título este ano frente a equipe do interior paulista, que conseguiu o acesso para a terceira divisão deste ano, sagrando-se campeão brasileiro da série D 2015.[11] Em 11 de outubro de 2016, Márcio Fernandes acabou deixando o comando do Botafogo Futebol Clube (Ribeirão Preto), ele comandava o clube desde fevereiro do mesmo ano, Fernandes fez uma boa primeira fase no Botafogo-SP pela Série C do Brasileirão, ficando na terceira colocação, mas acabou perdendo o acesso para o ABC Futebol Clube, no total Márcio Fernandes comandou a equipe paulista em 29 jogos, sendo 11 vitórias, 12 empates e 4 derrotas.[12]
Márcio Fernandes acertou com o Linense, e para a sequência do Paulistão de 2017 encontra o clube a um ponto da zona de classificação e também da zona de rebaixamento.[13]
Após a saída de Geninho do comando técnico do ABC, Márcio Fernandes foi anunciado como novo técnico do Mais Querido para a disputa da Série B.[14] Em agosto de 2017, Márcio Fernandes foi demitido do ABC, ele comandou a equipe em 1 mês e dois dias, foram cinco jogos no comando da equipe do nordeste, uma vitória, um empate e três derrotas, conseguindo um aproveitamento de 26,6%.[15]
Em 6 de fevereiro de 2018 Fernandes foi confirmado como novo técnico do Linense para a sequência do Paulistão, o treinador retorna ao clube de Lins um ano após sua última passagem pela equipe, sua tarefa será resgatar o futebol da equipe e consequentemente conseguir bons resultados para que o clube melhore no estadual.[16]
Sampaio Corrêa
Em 05 de maio de 2023, foi contratado pelo Sampaio Corrêa para comandar o clube na Série B.[17] Em 05 de setembro de 2023 foi demitido após deixar o clube na zona de rebaixamento.[18]
Paysandu
Em 09 de setembro de 2024 foi contratado pelo Paysandu para comandar o clube na Série B.[19]
G Cleriston • G Fabrício • G Marcão • Z Adalberto • Z Danrlei • Z Rafael Donato • Z Saimon • LD Celsinho • LD John Lennon • LE Mário Henrique • LE William Formiga • V Derli • V Dudu Pacheco • V Éder Monteiro • V Pablo • V Pedro Bambu • V Yuri • M Alan Mineiro • M Emanuel Biancucchi • A Caíque • A Francis • A Gilsinho • A Henan • A Hugo Sanches • A Lucas Silva • A Maurinho • A Rafhael Lucas • A Richard Salinas • A Rodrigo Alves • A Talles • Treinador: Márcio Fernandes
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