Początkowo załogę misji mieli stanowić Rosjanie Aleksandr Misurkin (dowódca) i Nikołaj Tichonow oraz Amerykanin Mark Vande Hei. Z kolei do załogi rezerwowej mianowani zostali: Aleksandr Skworcow, Iwan Wagner i Scott Tingle. Jednak 13 września 2016 roku Roskosmos podjął decyzję o reorganizacji lotów załogowych na ISS. Począwszy od tej misji składy załóg statków Sojuz zostały zmniejszone do dwóch astronautów w celu usprawnienia funkcjonowania rosyjskiej części stacji[2]. Zmiana ma obowiązywać do uruchomienia modułu Nauka, co ma nastąpić pod koniec 2017 roku. Do tego czasu zmniejszona zostanie także liczba lotów statku transportowegoProgress z 4 do 3 w ciągu roku. Takie ograniczenie w lotach zaopatrzeniowych na ISS zmniejszyło z kolei zdolność do utrzymania na stacji kosmicznej 6-osobowej załogi[3].
Wraz ze zmniejszeniem załogi dokonano również zmian w jej składzie.