Pierwsze 3 lata życia do wybuchu II wojny światowej spędził z rodzicami na Śląsku. Gdy rozpoczęły się działania wojenne, matka uciekała z nim przez całą Polskę, by dotrzeć do Bydgoszczy, gdzie ukrywał się przed hitlerowcami ojciec kompozytora.
W 1952 rozpoczął regularną naukę w Państwowej Szkole Muzycznej I stopnia w Krakowie w klasie fortepianu Stanisława Czernego. W 1959 w trybie przyspieszonym uzyskał dyplom z fortepianu Średniej Szkoły Muzycznej, a 1960 z teorii muzyki. W 1962 ożenił się z Marią Jabłońską. Już w czasie studiów u Krzysztofa Pendereckiego (1963–1968) w krakowskiej Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej[1][2], zaczął odnosić pierwsze międzynarodowe sukcesy: w 1968 nagroda na Międzynarodowym Konkursie Fundacji „Gaudeamus” za utwór Musica con una batuta del tam-tam; I nagroda na Konkursie Kompozytorskim im. A. Malawskiego za Neusis I oraz wyróżnienie w Konkursie Młodych ZKP za Sequenze concerttati. W następnym roku zdobywa II nagrodę na Międzynarodowym Konkursie „Komitetu Solidarności” w Skopje za Chant de l’espoir. W 1970 Audition na flet, wiolonczelę i fortepian jest pierwszym utworem Marka Stachowskiego wykonywanym na Międzynarodowym Festiwalu Muzyki Współczesnej „Warszawska Jesień”. W 1971 otrzymuje III nagrodę na Ogólnopolskim Konkursie Kompozytorskim za kantatę Słowa do wierszy W. Broniewskiego. Został trzykrotnie wyróżniony na Międzynarodowej Trybunie Kompozytorów UNESCO w Paryżu: w 1974 za Neusis II, w 1979 zostaje ponownie wyróżniony za Divertimento na orkiestrę smyczkową i w 1990 za III Kwartet smyczkowy napisany na zamówienie BBCBristol. W 1974 otrzymał I nagrodę w Konkursie im. K. Szymanowskiego za Śpiewy thakuryjskie. W 1975 prowadził wykłady na Uniwersytecie Yale. Rok później otrzymał nagrodę muzyczną miasta Mönchengladbach za Poeme sonore. W 1984 otrzymuje nagrodę Związku Kompozytorów Polskich.
21 marca 2012 Rada Miasta Krakowa przyjęła uchwałę nadającą jednej z krakowskich ulic imię Marka Stachowskiego[3]. Nazwę ulicy oraz lokalizację w Dzielnicy II Grzegórzki, gdzie Marek Stachowski mieszkał przez ostatnie 20 lat życia, zaproponowało Stowarzyszenie Artystów Polskich. Inicjatywa została poparta m.in. przez ZASP Oddział Kraków.
Encyklopedia muzyki. Andrzej Chodkowski (red.). Warszawa: PWN, 1995. ISBN 83-01-11390-1. (pol.).
Adrian Thomas: Stachowski, Marek. W: The New Grove Dictionary of Music and Musicians, vol. S. Oxford University Press, 2004. ISBN 978-0-19-517067-2. (ang.).
Bogdan Snoch: Górnośląski Leksykon Biograficzny. Suplement do wydania drugiego. Katowice: Muzeum Śląskie, 2006, s. 106. ISBN 83-60353-11-5.
Anna Woźniakowska „Trzeba umieć marzyć” Rozmowy z Markiem Stachowskim, Kraków 2005 PWM
