Pierwszy, drewniany kościół, wybudowany został w XIV wieku. Nie jest znana dokładna data postawienia świątyni, natomiast pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z dnia 27 września 1363 roku. Dotyczyła ona prośby Kazimierza Wielkiego do papieża Urbana V o udzielenie odpustu za nawiedzenie świątyni w rocznicę jej konsekracji. Kościół spłonął w roku 1407 podczas rozruchów antyżydowskich. Rozruchy wybuchły 29 marca 1407 roku, po tym jak we wtorek po Wielkanocy kanonik Budek wygłosił kazanie w kościele św. Barbary, w którym oskarżył Żydów mieszkających w Krakowie o zabicie chrześcijańskiego dziecka. Według Jana Długosza, część Żydów uciekając przed pogromem schroniła się w wieży kościoła św. Anny. Tłum podpalił wieżę, zmuszając ich do poddania się[3].
Drugi kościół
Na miejscu spalonej świątyni jeszcze w tym samym roku wzniesiono murowany kościół w stylu gotyckim. Jego fundatorem był król Władysław Jagiełło i z jego inicjatywy kościół dostał się w 1418 pod opiekę Akademii Krakowskiej. W 1428, za czasów proboszcza Jana z Wielunia, rozbudowano prezbiterium. W 1473 roku został pochowany w kościele św. Anny profesor Akademii Krakowskiej Jan Kanty. W 1535 roku biskup Piotr Tomicki ogłosił kościół kolegiatą i ustanowił przy nim kapitułę kolegiacką. W 1539 sprawiono dla Jana Kantego nową trumnę, a w 1549 nowy renesansowy nagrobek ufundował rektor Akademii Krakowskiej Jakub Fredel.
W 1680 papież Innocenty XI beatyfikował Jana Kantego. W związku z rosnącym kultem świętego profesorowie Akademii postanowili wyburzyć kościół i na jego miejscu zbudować większy, będący w stanie pomieścić wszystkich pielgrzymów odwiedzających grób Jana Kantego. Kościół wyburzono w roku 1689 na koszt Akademii.
Budowa trzeciego kościoła
W roku wyburzenia kolegiaty położono kamień węgielny pod budowę nowej świątyni. Pierwotny projekt kościoła zaproponowany przez architekta Tylmana z Gameren nawiązywał do planu rzymskiego kościoła San Carlo ai Catinari, który był także inspiracją dla kościoła uniwersyteckiego paryskiej Sorbony. Profesorowie Akademii odrzucili projekt i zasugerowali Tylmanowi jako wzór plan kościoła San Andrea della Valle, który był pod opieką zakonu teatynów – konkurentów jezuitów, bowiem krakowscy uczeni chcieli budowlą kościoła akademickiego przyćmić krakowski kościół św. św. Piotra i Pawła zarządzany wtedy przez jezuitów. Tylman z Gameren zrobił nowy projekt, który został zaakceptowany i budowa ruszyła. Od 1692 roku prace budowlane nadzorował ks. Sebastian Jan Piskorski – proboszcz parafii i zarazem profesor Akademii Krakowskiej. W 1695 kościół stał w stanie surowym i nie miał jeszcze kopuły.
Biskup Karol Wojtyła, a późniejszy papież Jan Paweł II, często nawiedzał świątynię. Odprawiał msze święte, wygłaszał rekolekcje i spotykał się ze studentami. Spowiadał wiernych, co zostało upamiętnione przez tabliczkę przytwierdzoną nad kratkami konfesjonału w lewej części kościoła. Prywatnie pielgrzymował do grobu św. Jana z Kęt. W dniach 19–21 grudnia 1960 roku wygłosił w kościele kazania dla narzeczonych pt. Budować dom na skale[4]. Już jako papież odwiedził kolegiatę w niedzielę, 8 czerwca 1997 roku, w ramach VI podróży apostolskiej do Polski.
Fasada
Fasada jest dwukondygnacyjna, flankowana dwiema wieżami zwieńczonymi późnobarokowymi hełmami. Swoim kształtem przypomina fasadę kościoła Santa Anastasia w Rzymie. Druga kondygnacja jest zwieńczona trójkątnym przyczółkiem. W przyczółku umieszczona jest płaskorzeźba przedstawiająca Oko Bożej Opatrzności. Nad portalem głównym znajduje się inskrypcja w języku łacińskim dotycząca św. Anny jako gospodyni tego kościoła. Nad oknem drugiej kondygnacji umieszczona jest płaskorzeźba przedstawiająca Madonnę z Dzieciątkiem. Nad wejściami bocznymi znajdują się płaskorzeźby aniołów. W niszach na fasadzie znajdują się figury 4 świętych:
Całość kompozycji fasady została zaprojektowana tak, aby najlepiej prezentowała się w ukośnym widoku z wąskiej uliczki św. Anny. Bowiem w trakcie budowy kościoła nie istniały jeszcze Planty, a obecna ulica św. Anny (wówczas ul. Żydowska) była zamknięta murami obronnymi.
Wnętrze
Budowla jest jednonawowa z kaplicami bocznymi i transeptem i prosto zamkniętym prezbiterium. Nawa jest sklepiona kolebkowo z lunetami, a nad jej skrzyżowaniem z transeptem wznosi się ośmioboczna kopuła z tamburem. Kaplice połączone są ze sobą przejściami, dzięki czemu przypominają nawy boczne i dlatego ten kościół często mylony jest z trójnawowym. Kaplic jest 6, w tym 2 sklepione kopułami. Wezwania kaplic to:
Chrzcielnicę odlał w 1646 roku Jakub Erlicher. Jest to jedyny zachowany element wyposażenia z poprzedniego kościoła.
Na ścianie czołowej znajduje się Zwiastowanie, a na sklepieniu w 3 kolejnych przęsłach: Duch Święty (w stiuku), Niepokalana (namalowana), Boże Narodzenie (w stiuku).
Na bocznych ścianach prezbiterium – naprzeciwko siebie zostali namalowani w technice en grisaille Maria i Jezus. Zostali podpisani nie swoimi imionami, lecz cytatami z Pisma Świętego:
Maria: Domus Dei – Dom Boży
Jezus: Caput Anguli – Kamień Węgielny
Nawa
W nawie znajduje się kontynuacja tego wątku w postaci 12 apostołów namalowanych w technice en grisaille i podpisanych nie swoimi imionami, lecz nazwami kamieni szlachetnych. Są to:
W kościele św. Anny przypisano nazwy kamieni apostołom, nawiązując do 12 warstw Świętego Miasta ukazanego w Apokalipsie św. Jana. Apostołowie zostali umieszczeni na filarach, żeby pokazać, że są filarami Kościoła.
Na ścianach nawy, nad arkanami prowadzącymi do kaplic namalowano Sybille jako pogańskie prorokinie, które zapowiedziały przyjście na świat Chrystusa. Nad Sybillami stiukowe putta trzymające zwoje z imionami osób z rodowodu Jezusa. Nad nimi pomalowane na złoto figury aniołów trzymają tarcze z atrybutami Marii.
Na sklepieniu widnieją Baranek Apokaliptyczny, 24 starców, serafiny oraz księga z siedmioma pieczęciami.
Na chórze stoją okazałe organy o 26 głosach z I ćw. XVIII w. ufundowane przez księdza Grzegorza Ochabowicza, a nad chórem malowidło przedstawiające Objawienie św. Jana. Na pendentywach kopuły widnieją alegorie cnót kardynalnych, a na samej kopule wyobrażenia Chwały Pańskiej oraz nazwy czterech pierwszych soborów powszechnych.
Transept
W prawym czyli południowo-wschodnim ramieniu transeptu znajduje się konfesjaśw. Jana Kantego zawierająca szczątki kanonizowanego w 1767 patrona Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jest to monumentalny kamienny, barokowy ołtarz autorstwa Baltazara Fontany. Trumnę ze szczątkami świętego dźwigają 4 postacie mężczyzn wykute w kamieniu, symbolizujące 4 wydziały Akademii Krakowskiej:
↑Jana Długosza roczniki czyli kroniki sławnego Królestwa Polskiego, ks. 10, red. M. Skowronek, Warszawa 2009, s. 20–22.
↑Karol Wojtyła, Budować dom na skale. Rekolekcje dla narzeczonych, Rzym-Kraków 2012, s. 13.
↑Prószyńska Z., 1975: Galli Jan Nepomucen. W: Maurin-Białostocka J. i in.: Słownik artystów polskich i obcych w Polsce działających, tom II. Zakład Narodowy im. Ossolińskich. Polska Akademia Nauk, Instytut Sztuki, str. 275.