Rezerwat zajmuje większą część najwyższego pasma górskiego Ałtaju – Gór Katuńskich i jest położony na wysokościach od 1300 m n.p.m. do 3280 m n.p.m. Najwyższy szczyt Ałtaju Biełucha (4506 m) znajduje się w strefie ochronnej rezerwatu[5][6].
Wyższe partie gór pokryte są lodowcami i polami śnieżnymi. Niżej znajduje się piętro alpejskie oraz łąki subalpejskie. W głęboko wciętych dolinach dominują lasy. Na terenie rezerwatu znajduje się 135 jezior. Są tu źródła jednej z największych rzek Ałtaju, rzeki Katuń[6][5].
Klimat rezerwatu jest kontynentalny. Średnia temperatura stycznia to od minus 21 ºС do minus 23 ºС, średnia temperatura lipca w wyższych partiach gór waha się od +4 ºС do +6 ºС, a w dolinach od +15 ºС do +17 ºС[6].
↑UNESCO World HeritageU.W.H.CentreUNESCO World HeritageU.W.H., Golden Mountains of Altai [online], UNESCO World Heritage Centre [dostęp 2021-10-14](ang.).