Swój pierwszy profesjonalny kontrakt Zola podpisał w 1984 roku z sardyńskim klubem Nuorese Calcio. Pięć lat później został zawodnikiem klubu Serie ASSC Napoli. W zwycięskim w lidze sezonie 1989/1990 Zola zdobył 2 bramki, grając u boku samego Diego Maradony. W 1991 roku wywalczył z klubem Superpuchar Włoch i zadebiutował w reprezentacji Włoch pod wodzą Arriga Sacchiego. W 1993 opuścił Neapol aby związać się z zespołem AC Parma. W 1995 zdobył z zespołem Puchar UEFA oraz wicemistrzostwo Włoch. W tym klubie budował swoją reputację jednego z najlepszych włoskichnapastników.
Jego gol po 21 sekundach od pojawienia się na boisku w finale Pucharu Zdobywców Pucharów w 1998 przeciwko VfB Stuttgart na stadionie Råsunda w Sztokholmie był jednym z najwspanialszych momentów w jego karierze. Już w drugim kontakcie z piłką otrzymał długie podanie od Dennisa Wise’a i pokonał bramkarza Stuttgartu zapewniając Chelsea wygraną 1:0 i zdobycie pierwszego od 28 lat i drugiego w historii europejskiego pucharu. Jego specjalnością były właśnie niezwykłe bramki. Jednym z najlepszych w historii Premiership rzutów wolnych popisał się Zola w meczu z Tottenhamem w styczniu 2003.
Latem 2003 roku, kiedy pojawiły się plotki o zakupie Chelsea przez zagranicznych inwestorów, Zola opuścił klub ze Stamford Bridge i przeniósł się do klubu Cagliari Calcio. Nowy właściciel klubu Roman Abramowicz próbował odzyskać włoską gwiazdę, jednak działacze z Cagliari mu odmówili. Zola poprowadził klub z Sardynii do awansu do Serie A. Potem przedłużył kontrakt o rok i w czerwcu 2005 rozegrał ostatni mecz w karierze, z Juventusem.
W swojej karierze w Chelsea Zola zdobył ogółem 89 bramek, w tym 14 z rzutów wolnych. W 2003 roku został wybrany przez fanów The Blues najlepszym piłkarzem klubu w historii. W listopadzie 2004 otrzymał Order Imperium Brytyjskiego podczas specjalnej ceremonii w Rzymie.
Kariera trenerska
W 2008 roku Gianfranco podpisał 3-letni kontrakt z West Ham United jako trener[1]. 11 maja 2010 roku został zwolniony ze stanowiska[2].
7 lipca 2012 roku został trenerem Watfordu podpisując dwuletnią umowę. W pierwszym sezonie doprawadził klub do trzeciego miejsca, co dało awans do play-offów. Watford awansował do finału rozegranego na Wembley, w którym uległ Crystal Palace po dogrywce. 16 grudnia 2013 roku zrezygnował z pracy w klubie[3].
Od grudnia 2014 do 2015 był trenerem występującego w Serie A zespołu Cagliari.
11 lipca 2015 roku został ogłoszony na stanowisku nowego trenera katarskiego klubu Al-Arabi[4]. Został zwolniony w czerwcu 2016 roku, gdy prowadzony przez niego zespół zakończył rozgrywki ligowe na 8. miejscu[5].
W grudniu 2016 roku Zola podpisał kontrakt z Birmingham City[6] 17 kwietnia, po porażce z Burton Albion, ogłosił rezygnację ze stanowiska trenera, pozostawiając zespół trzy punkty nad strefą spadkową[7].
Gianfranco powrócił do Chelsea, gdy 18 lipca 2018 roku przejął rolę asystenta nowego menedżera The BluesMaurizio Sarriego[8].