Klub został założony w 1881 roku i na początku występował na stadionie Cassio Road. W 1922 przeniósł się na obecny stadion Vicarage Road. Od 1997 roku na tym samym obiekcie występuje drużyna rugby Saracens Rugby Club. Pseudonim klubu The Hornets (szerszenie) pochodzi od strojów w żółto-czarne pasy. Watford znane jest z długotrwałej rywalizacji z lokalnym klubem Luton Town.
Najlepsze okresy w historii klubu miały miejsce pod przewodnictwem trenera Grahama Taylora, byłego selekcjonera reprezentacji Anglii. Pierwszy raz objął on zespół w 1977 i trenował go 10 lat. W tym czasie Watford przebyło drogę z Division Four do Division One zdobywając wicemistrzostwo Anglii w 1983, osiągnęło także finał Pucharu Anglii w 1984 i wystąpiło w Pucharze UEFA. Po raz drugi Taylor objął klub w 1997 i w 1999 zespół awansował do Premier League, z której spadł rok później. W tym czasie właścicielem klubu był wokalista Elton John, który miał być dożywotnim honorowym prezesem Watford F.C. 9 listopada 2008 roku pojawiła się informacja, iż zrzeka się on honorowego tytułu, z powodu złej polityki drużyny.
W sezonie 2005/2006 zajął 3. miejsce w rozgrywkach Championship i w finale play-off o wejście do Premier League pokonał 3:0 Leeds United. W sezonie 2006/2007 występował w rozgrywkach angielskiej ekstraklasy, jednakże po zajęciu ostatniego miejsca w tabeli ponownie spadł do niższej klasy rozgrywkowej. W roku 2012 trenerem klubu został Gianfranco Zola, który poprowadził zespół do trzeciego miejsca w lidze, gwarantującego awans do baraży o Premier League. W półfinale zawodnicy włoskiego szkoleniowca po pasjonującej końcówce pokonali Leicester City. W finale przegrali z Crystal Palace F.C. 0:1 i pozostali w Championship.
W sezonie 2014/2015 piłkarze Watfordu wywalczyli awans do najwyższej klasy rozgrywkowej Premier League.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
