W lutym 1977 został zawodnikiem Philadelphia Phillies, zaś w sierpniu 1978 Chicago Cubs, w którym zakończył karierę zawodniczą. Po raz ostatni zagrał 30 września 1978 w meczu przeciwko New York Mets[2].
W 1986 zespół odniósł najlepszy wynik w historii klubu, odnosząc 108 zwycięstw. Mets awansowali do World Series i byli faworytami do zwycięstwa nad mistrzem American LeagueBoston Red Sox. Mets wygrali serię w siedmiu meczach, mimo iż w meczu numer sześć byli o jeden strike od przegranej w finałach; przy stanie 4–5 dla Red Sox w drugiej połowie 10. zmiany, po niekontrolowanym narzucie miotacza Red Sox Boba Stanleya, a następnie po uderzeniu zapolowego Mets Mookie Wilsona i błędzie przy pierwszej bazie Billa Bucknera, Mets zdobyli dwa runy i zwyciężyli 6–5, doprowadzając do siódmego spotkania, w którym pokonali Red Sox 8–5, ostatecznie wywalczając drugi w historii klubu tytuł mistrzowski[9]. W maju 1990 po uzyskaniu przez Mets bilansu 20–22, Johnson został zwolniony z funkcji menadżera zespołu[6].
W 2003 objął reprezentację Holandii, którą poprowadził do mistrzostwa Europy. Na Igrzyskach Olimpijskich 2008 jako menadżer reprezentacji Stanów Zjednoczonych zdobył brązowy medal. Rok później wraz z kadrą USA wystąpił na turnieju World Baseball Classic[6]. W 2010 został uhonorowany członkostwem w New York Mets Hall of Fame[12].
W latach 2011–2013 był menadżerem Washington Nationals, którego poprowadził w sezonie 2012 do pierwszego po przeniesieniu siedziby klubu do Waszyngtonu mistrzostwa NL East. W tym samym roku został wybrany najlepszym menadżerem w National League[13]. 30 września 2014 przeszedł na emeryturę[14].