Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Andreas Günter pojawił się 2 października 2004 roku, kiedy wystartował w zawodach juniorów w Kranju. Zajął wtedy 46. miejsce w konkursie rozgrywanym metodą Gundersena. W 2008 roku wystartował na Mistrzostwach Świata Juniorów w Zakopanem, gdzie wspólnie z kolegami z reprezentacji zdobył złoty medal w sztafecie. Indywidualnie był piąty w Gundersenie i szósty w sprincie.
W Pucharze Świata zadebiutował 27 stycznia 2008 roku w Seefeld, gdzie zajął 36. miejsce w sprincie. Pierwsze punkty pucharowe wywalczył już 8 marca tego samego roku w Oslo zajmując 26. miejsce w Gundersenie. Następnego dnia był dwudziesty w sprincie i dzięki tym wynikom zajął 45. pozycję w klasyfikacji generalnej sezonu 2007/2008. Jest to jak dotąd najlepszy sezon Niemca w Pucharze Świata. Równocześnie Günter startuje w zawodach Pucharu Kontynentalnego, w którym odnosił większe sukcesy. Dziewięciokrotnie stawał na podium zawodów tego cyklu, a w klasyfikacji generalnej sezonu 2008/2009 zajął trzecie miejsce.