De algemene waterkwaliteit van het Zoommeer is al jaren problematisch vanwege de groei van blauwalg.
Scheiding van zoet en zout water
Het is van belang dat het zoete water in het meer van goede kwaliteit is. Ten eerste omdat veel watersporters het gebied bezoeken. Ten tweede omdat de zoetwateraanvoerroute die achter de Oesterdam is aangelegd een grote rol speelt in de watervoorziening van de omgeving. De aanvoer van voornamelijk Rijnwater kan in droge periodes worden aangesproken, terwijl het in natte periodes dient als opvangbassin voor overtollig oppervlaktewater uit het westelijke deel van Noord-Brabant.
Het is echter niet eenvoudig om het water van het Zoommeer ook daadwerkelijk zoet te houden. Op verschillende plaatsen kan zout water binnendringen: via de Kreekraksluizen, de Bergse Diepsluis en de Krammersluizen in de Philipsdam. Deze sluizen beschikken over een ingenieus systeem dat zout en zoet water van elkaar kan scheiden. Toch kan niet worden voorkomen dat zout water in het Volkerak en het Zoommeer terechtkomt, o.a. door zoute kwel.
Omdat het meer voor de Deltawerken onder invloed van eb en vloed stond, vormen de voormalige stroomgeulen de diepste delen die het hele jaar door zout water bevatten. Om het zoute water in de bovenste lagen zoet te houden wordt zoet Rijnwater gebruikt om door te spoelen via een spuikanaal en een spuisluis richting de Westerschelde bij Bath.
