1939 m. rugsėjo 1 d. prasidėjus Lenkijos-Trečiojo Reicho karui lenkų administracija pasitraukė, bet ir Vokietijos kariuomenė ilgai nesirodė. Apskritis kurį laiką liko be jokios valdžios.Vietiniai gyventojai nusprendė, kad kraštas bus atiduotas Lietuvai, nes juk tai lietuviškos žemės, bet lietuvių kariuomenės gyventojai taip ir nesulaukė. Krašte, pasilikusiame be jokios valdžios, prasidėjo plėšikavimai. Prireikė organizuoti policiją. Dėl uniformų stokos naujai pašaukti policininkai ant rankovių rišo lietuviškos trispalvės raištį. Gyventojai pradėjo organizuoti savus savivaldos organus. Lietuvių administraciją buvo bandoma kurti Krasnavo, Vižainio ir Punsko valsčiuose. Lietuviška valdžia, nors ir silpna, laikina, bet vis dėlto kėlė vietinių gyventojų džiaugsmą, grįžo viltis ištrūkti iš svetimo jungo. Masiškai pradėta organizuoti lietuviškas mokyklas. 1939 m. rugsėjo mėnesį, apskrityje jau veikė 17 lietuviškų mokyklų. Valsčiuose buvo iškeltos Lietuvos trispalvės. 1939 m. rugsėjo 17 d. apskrityje pasirodė raudonoji armija, bet darbo mokyklose netrukdė ir neužiminėjo tarnybinių pastatų.
Trečiojo Reicho suskirstymas 1944 m.
Po Trečiojo Reicho ir Sovietų Sąjungos teritorinių mainų 1939 m. spalio 13 d. apskrityje pasirodė Vokietijos kariuomenė. Apskritis tapo Rytų PrūsijosGumbinės apygardos dalimi. Prie apskrities buvo prijungti Augustavo apskričiai priklausę Dauspudos ir Ščebros-Olšankos valsčiai. Nuo 1939 m. gruodžio iki 1940 m. gegužės apskritis buvo vadinama Suwalken, o vėliau pervadinta į Sudauen. Kol Lietuva laikėsi neutraliteto, iki Sovietinės okupacijos, vokiečiai vengė drastiškų veiksmų prieš lietuvius. Toleravimo padėtis trukusi iki 1939 m. lapkričio 1 d. baigėsi, uždarytos visos lietuviškos organizacijos ir mokyklos. Lietuvių gyvenimas vokiečių okupacijos metais buvo sunkus, tačiau su lietuviais vokiečiai elgėsi daug geriau nei su lenkais, rusais ar žydais. 1941 m. sausio 10 d. Kaune buvo pasirašyta sutartis tarp Trečiojo Reicho ir Sovietų Sąjungos dėl Lietuvos bei Suvalkų ir Klaipėdos krašto gyventojų pasikeitimo. Per du mėnesius turėjo būti įvykdyta ši sutartis. Vokiečiai pradėjo represijas prieš lietuvių tautybės asmenis, kad šie pasirašytų norintys išvykti į sovietų okupuotą Lietuvą. Vokiečių ir sovietų interesus atitinkanti sutartis nusiaubė visą Suvalkų kraštą. Per trumpą dviejų mėnesių laikotarpį iš šių etniškai lietuviškų žemių buvo iškeldinta 11 955 lietuvių tautybės asmenų, tai sudarė apie 75%-80% visų šio krašto lietuvių tautybės gyventojų. 1942 m. keli šimtai ūkininkų iš šio krašto buvo išvežti į Vokietijos koncentracijos stovyklas. Pasibaigus trėmimams, pasilikę lietuviai nebebuvo persekiojami. Tačiau jų beliko labai mažai tik apie 20-25%. Krašte stūksojo galybė tuščių ir apleistų sodybų. Vokiečiai apsigyvendavo tik didesnėse ir prabangesnėse, o į prastesnes pradėjo atkeldinėti lenkus. Dalis atkeltųjų lenkų, pasitraukus vokiečiams, pasiliko gyventi lietuvių apleistose sodybose ir gyvena iki šių dienų. 1943 m. dalis pietinių apskrities žemių žemiau Augustavo kanalo buvo prijungtos prie Balstogės srities. Baigiantis II pasauliniam karui krašto lietuviai kartu su frontu pradėjo grįžinėti į savo atimtus namus.[1]
Pagal 1921 m. lenkų atlikto surašymo duomenis prie apskrities 1925 m. prijungtoje Seinų apskrityje gyveno 19 704 žmonių, o tautinė ir religinė sudėtis buvo tokia:[3]
.svg){kind=small}
