이에 대한축구협회는 후순위로 감독 후보에 올렸던 본프레러에게 제안을 했고, 그가 이를 수락하면서 2004년 6월 21일부터 대한민국 축구 국가대표팀의 감독으로 부임하였다. 부임 직후 매우 엄격한 트레이닝으로 화제를 모았고, 특히 잊혀져가던 스트라이커 이동국이 데뷔 경기에서 첫 골을 기록하며 부활하는 등의 긍정적인 조짐이 보였다.
하지만 2004년 AFC 아시안컵을 불과 한달 앞두고 팀을 거의 급조한 탓에 수비가 굉장히 불안하고 공격력도 문제가 있어 아시안컵 조별리그 첫경기 요르단전에서 0:0의 무승부를 기록하였다. 그러나 아랍에미리트를 2:0으로 꺾고, 특히 20년 가까이 한국을 괴롭혀온 쿠웨이트를 무려 4:0으로 대파하였다. 8강전에서는 이란과 한골씩을 주고 받는 난타전 끝에 3:4로 석패했고, 결국 수비가 큰 문제였다는 것이 드러났지만 공격면에서는 희망적인 전망을 할 수가 있었다.
본격적으로 재개된 2006년 FIFA 월드컵 아시아 2차 예선 경기는 2004년9월 8일베트남에서 열렸다. 전반에 이렇다 할 만한 공격도 기록하지 못하고 도리어 수비가 뚫리더니 후반 시작과 동시에 선제골을 내줬고, 간신히 2골을 넣어 2:1로 역전승하였다. 이 경기에 대해 본프레러는 강한 불만을 드러냈으며 다음 경기에서의 선전을 다짐했지만 10월 13일 레바논에서 열린 원정 경기에서는 1:0으로 앞서다가 수비 실책으로 1:1 무승부를 기록하면서 또 체면을 구겼다.
당시 대한민국은 레바논과 승점 1점차로 아슬아슬하게 1위를 지키고 있었고, 무승부에 따라서 순위 변동은 없었지만 11월 17일서울에서 열리는 몰디브와의 최종전에서 반드시 이겨야만 하는 부담을 안게 되었다. 특히 몰디브는 3월 31일 원정경기에서 0:0의 무승부를 기록한 상대였기 때문에 최종 예선 진출 여부가 불확실한 상황이었다. 다행히 이 경기에서 대한민국은 후반전에 2골을 넣어 2:0으로 이겼고, 본프레러는 "1차전 0:0 무승부의 아쉬움을 털고 최종예선에 진출하게 되어 기쁘다."라는 말을 하며 모처럼 웃음을 지었다.
이 때부터 본프레러 감독에 대한 경질 여론이 고개를 들기 시작하였다. 최종예선도 아니고 2차 예선에서 고전 끝에 간신히 승리를 하는 것을 반복하고 있었기 때문이었다. 다행히 12월 19일부산에서 열린 독일과의 친선 경기에서 3:1의 완승을 거뒀고[1], 경질 여론은 주춤하게 되었다. 이후 최종예선 상대로 쿠웨이트, 사우디아라비아, 우즈베키스탄이 확정되자 그는 "만만한 팀은 하나도 없다."면서 선전을 다짐하였다.
2005년2월 9일쿠웨이트와의 첫 경기는 별다른 문제없이 2:0의 완승으로 끝났다. 나흘 전 열린 이집트와의 경기에서 0:1로 패하면서 불안한 조짐이 보였으나, 쿠웨이트를 상대로 수비와 공격 모두 큰 문제없이 전반과 후반에 2골을 기록하였다. 그러나 3월 25일 사우디아라비아에서 열린 원정 경기에서 0:2로 무기력하게 패배하면서 다시 위기가 시작되었다. 설상가상으로 "우리는(We) 좀 더 효율적으로 경기를 했어야 한다."라는 발언이 선수들을 향한 비난으로 보도되면서 경질론이 고개를 들기 시작하였다.
다행히 3월 30일우즈베키스탄과의 홈경기에서 2:1로 이기면서 한숨을 돌렸으나, 6월 3일우즈베키스탄 원정 경기에서 0:1로 뒤지다가 박주영의 A매치 데뷔골로 1:1 무승부를 기록하면서 다음 쿠웨이트 원정 경기에 대한 불안감이 가중되었다. 당시 쿠웨이트와 무승부를 기록할 경우, 이후 경기에서 대한민국이 패배하고 쿠웨이트가 아무리 큰 점수차로 승리를 거둔다고 해도 승점이 같아지고 처음 따지게 되는 상대전적에서 한국이 1승 1무로 앞서 최소한 2위가 확정되는 유리한 상황이었다.
그렇지만 상대는 20년간 중요한 순간마다 한국을 괴롭혀온 쿠웨이트인데다 원정 경기였기 때문에 결코 안심할 수는 없었다. 그러나 실제 경기 결과는 약 1년 전 아시안컵 조별리그에서의 결과와 정확히 일치하는 4:0 완승이었고, 결국 대한민국은 감독을 바꾸는 우여곡절 끝에 2006년 FIFA 월드컵 본선에 진출하게 되었다.
그러나 2005년8월한국에서 개최된 동아시아컵에서 중국에 1:1, 북한에 0:0, 일본에 0:1 패배로 최하위를 기록하면서 경질론이 다시 확산되었고, 설상가상으로 8월 17일서울에서 열린 사우디아라비아와의 최종 홈경기에서 0:1로 패배하여 원정경기 패배를 설욕하지 못하면서 경질 여론이 비등해졌다. 본프레러는 사퇴하지 않을 것이라고 말했지만, 결국 며칠 후에 자진 사퇴 형식으로 사실상 경질되었다. 그의 후임으로 딕 아드보카트가 선임되었다.