Quistello, adagiato sulla riva destra del fiume Secchia, deriverebbe il proprio nome dal Custellum, un emissario del Po Vecchio che scorreva a fianco dell'abitato e lo delimitava sul lato settentrionale (probabilmente il torrente Crostolo[6]). Il toponimo Custello compare nel celebre atto di donazione, risalente al 1007, con cui Tedaldo di Canossa dona il territorio, il castello e la chiesa a San Benedetto, segnando la fondazione del celebre monastero polironiano.
Il territorio di Quistello presenta una rilevanza archeologica testimoniata dagli scavi archeologici che hanno portato alla luce insediamenti tardoantichi e romani, in particolare nella frazione di Nuvolato, e dagli studi effettuati nell'area del vecchio castello dove sono stati ritrovati reperti di ceramiche rinascimentali.
Attorno al 1336[7] (probabilmente con lavori protrattisi dal 1288 al 1360) il fiume Secchia fu portato a sfociare nel Po presso Mirasole di San Benedetto Po da Cavezzo, e quindi a passare sul fianco ovest di Quistello. Esiste una certa disputa circa il motivo di tale deviazione: forse per completare la bonifica dell'area di San Benedetto Po o per rendere possibile il drenaggio delle acque nei pressi di Mirandola, evitando inoltre che quest'ultima città fosse frequentemente allagata dalle piene del fiume.
La zona di Quistello restò di proprietà della famiglia Gonzaga fino al 30 giugno 1708, quando la dieta di Ratisbona ne stabilì il passaggio agli austriaci, seguendo le sorti storiche degli altri comuni mantovani.
Nel 1906, sopra una parte delle macerie del castello di Quistello, venne costruito il Mulino Panina che nel 1999 venne venduto dalla famiglia e poi abbattuto per costruire un condominio.
La Pinacoteca Civica custodisce opere dalla fine dell'Ottocento alla seconda metà del Novecento di artisti mantovani.
Sismicità
Il terremoto del 2012
Quistello ha subìto notevoli danni dai terremoti dell'Emilia del 2012, sia nel sisma del 20 maggio che in quello del 29 maggio 2012. Per quanto riguarda il patrimonio pubblico sono stati resi inagibili la maggioranza degli edifici pubblici come la chiesa parrocchiale e le altre chiese di frazione, il municipio, il centro culturale, il palazzetto dello Sport, la casa del Balilla, il Museo nella frazione di Nuvolato nonché le scuole dell'infanzia, primaria e secondaria.
Importanti interventi di messa in sicurezza sono stati effettuati in particolare sulla chiesa parrocchiale che ha registrato importanti crolli interni, sul municipio e sui portici del centro storico per un ammontare di 635.000 euro. Per quanto riguarda le opere di ricostruzione il municipio è stato collocato in altro edificio, l'amministrazione comunale ha provveduto all'adeguamento alla normativa antisismica dell'asilo nido e inoltre, attraverso importanti opere di ripristino per un totale di 425.000 euro, sono state messe in sicurezza e riaperte tutte le strutture scolastiche (scuola dell'infanzia, primaria e secondaria). Importanti danni anche sul fronte dell'edilizia privata sia ad imprese che ad abitazioni. Circa 400 le abitazioni dichiarate inagibili per un totale di circa 500 sfollati. Nelle prime settimane dopo il sisma è stata allestita una tensostruttura per ospitare gli sfollati mentre le famiglie beneficiarie del contributo di autonoma sistemazione sono risultate 180. I danni al comparto industriale ammontano a circa 24 milioni di euro.[12][13].
Nella frazione di Nuvolato, la chiesa romanico-matildica di San Fiorentino Martire dell'XI secolo conserva all'interno resti pittorici di affreschi del XV secolo e XVI secolo; nella località, definita d'autore, vi è la sede del "Museo diffuso Giuseppe Gorni", scultore e artista del Novecento che realizzò numerose opere scultoree, architettoniche e grafiche.
A San Rocco è posto il Monumento alla prima lega contadina d'Italia, bronzo di Giuseppe Gorni, a ricordo del movimento operaio nato alla fine del XIX secolo sulla scia della rivoluzione chiamata della Boje[14].
Quistello è un comune conosciuto anche per la sua produzione di un ottimo lambrusco. Vi è presente infatti la Cantina Sociale di Quistello che, dal 1928, è famosa per i suoi vini di alta qualità, prodotti da vigneti coltivati in zona.