Trasferito a Roma, presso lo Stato maggiore del Regio Esercito, l'8 gennaio 1942, compì numerose missioni all'estero, e fu promosso capitano il 1º gennaio 1943. Con la caduta del fascismo, il 25 luglio 1943, fu nominato addetto alla persona del generale inglese Adrian Carton de Wiart, prigioniero in Italia e grande invalido di guerra.[4] Dopo la proclamazione dell'armistizio dell'8 settembre 1943[1] si trasferì a Roma, dove divenne uno tra i militari più attivi tra gli animatori della Resistenza[1] romana e collaborò con il Fronte Militare Clandestino. Collegato al Comando della 5ª Armata americana, allacciò contatti con altre organizzazioni antifasciste clandestine operanti a Roma e col "governo del Sud", stabilendo un efficiente servizio di informazioni.
In seguito ad un'informazione, strappata con la tortura dai tedeschi a un prigioniero, fu arrestato dalle SS il 18 marzo 1944[1] insieme all'avvocato capitano Giovanni Vercilio, al capitano Massimo Leonardi e al capitano Renato Villoresi,[5] che faranno la sua stessa tragica fine, una settimana prima della strage delle Ardeatine. Rinchiuso nella prigione di via Tasso,[6] nonostante le torture, l'ufficiale non parlò e fu messo a morte con altri 334 martiri il 24 marzo 1944. Gli fu conferita postuma la Medaglia d'oro al valor militare.[1]
A Roma gli sono state dedicate una via e una piazza nel quartiere Tomba di Nerone.
Gli è stato dedicato inoltre il Liceo scientifico statale "M. Azzarita", situato in via Salvini, presso piazza delle Muse, in zona Parioli a Roma. Al valoroso ufficiale è stata intitolata anche una scuola media di Bari, dove il padre di Azzarita, direttore responsabile dell'ANSA dal 1947 al 1952, ha lavorato a lungo come apprezzato opinionista politico e capo della redazione romana del quotidiano "La Gazzetta del Mezzogiorno". A Riccione gli è stata dedicato uno dei piazzali sul lungomare. Ad Azzarita è inoltre dedicata una delle piazze più importanti di Bologna.[7] Anche la città di Molfetta gli ha intitolato una via. A Roma gli è stato dedicato un liceo, nella zona Monte Mario.[8]
A Venezia, presso la casa natale, Cannaregio civico n. 1548, c'è lapide commemorativa che riproduce la motivazione della Medaglia d'oro al valore militare che gli fu conferita alla memoria.[9]
«Fu valoroso combattente sui fronti di guerra, apprezzato ufficiale presso lo S.M.R.E. ove gli vennero affidati incarichi di particolare fiducia, fra cui quello presso il generale inglese Carton de Wiart durante i preliminari delle trattative di armistizio. Insofferente dell'occupazione tedesca, dopo l'8 settembre ‘43 si prodigò in Roma e dintorni per organizzare gruppi e movimenti armati clandestini, dimostrando fermezza di propositi, decisione e carattere adamantino. Arrestato dalle SS. germaniche fu tradotto e imprigionato nelle celle di via Tasso, ove venne atrocemente seviziato. Non rivelò nessun segreto dell'organizzazione militare cui apparteneva e si addossò fieramente ogni responsabilità. Trucidato barbaramente alle Fosse Ardeatine, trovò gloriosa morte, suggellando il suo amore e la sua fede per la Patria.» — Fosse Ardeatine, settembre 1943-24 marzo 1944[10].
^Sulla Piazza omonima sorge tra gli altri edifici, uno dei più importanti impianti sportivi indoor d'Italia, il "PalaDozza".
^ Luciana Frapiselli, Undici strade per undici martiri, in Monte Mario, n. 222, Roma, Associazione degli Amici di Monte Mario, Marzo 2004, p. 3.
^Scuola media statale «Francesco Morosini», Memorie della Resistenza veneziana. Fatti, personaggi, luoghi, Venezia, Comune di Venezia, 1995, scheda n. 9.
Placido Currò, Saverio Di Bella, Anna M. Garufi, Il Sangue e il Sole: Partigiani del Mezzogiorno (1943-1945), Messina, Il Grano Edizioni, 2013, ISBN88-907653-6-4.
Marziano Brignoli, Cavalleria a Voghera. I Reggimenti di guernigione a Voghera dal 1859 al 1943., Voghera, Società Cooperativa Editoriale Oltrepò, 2007.
Alessandro Portelli, L'ordine è già stato eseguito: Roma, le Fosse Ardeatine, la memoria, Milano, Giangiacomo Feltrinelli Editore, 2014, ISBN88-588-1629-3.
Armando Troisio, Roma sotto il terrore nazifascista, Roma, Castelvecchi Editore, 2014, ISBN88-6826-671-7.
Pantaleo De Trizio, Il capitano Manfredi Azzarita, un molfettese nella Resistenza, in Il Fatto, n. 83, Milano, 27 aprile 2012, p. 22.