Fu fidanzata il 22 agosto 1474 a Giovanni Della Rovere, duca di Sora e Arce, signore di Senigallia e vicario papale di Mondavio, creato "prefetto" di Roma nel 1475. La Prefettura prevedeva il comando delle truppe ordinarie per la tutela della città.[4].
Le nozze furono celebrate a Roma il 10 maggio 1478. La sposa, che portava in dote 12.000 ducati, proveniente da Urbino sostò a Perugia prima di raggiungere la capitale dello Stato Pontificio, dove la coppia risiedette per circa un anno. Il 26 aprile 1479 la sedicenne Giovanna e il ventiduenne Della Rovere fecero un solenne ingresso in Senigallia, di cui quest'ultimo era signore, città in cui nasceranno i sei figli.[5]
Il matrimonio inaugurò il ramo dinastico Montefeltro Della Rovere e la loro prole fu la seguente:[4]:
Giovanna con le cinque sorelle e la sorellastra Gentile (1448-1513) vissero nel palazzo ducale di Urbino e in quello di Gubbio fino al 1472 con la madre che morì in quest'ultima residenza dopo aver dato alla luce l'unico maschio Guidobaldo. In seguito a questo triste evento, la cura delle giovani fu affidata all'influente nipote di Federico, Ottaviano Ubaldini della Carda.[6]
Giovanni aveva nominato, nel testamento, la moglie (se non si fosse risposata) reggente dei suoi feudi fino al raggiungimento dell'età di sedici anni da parte di Francesco Maria: il prefetto morì nel novembre 1501 e Giovanna amministrò con competenza i territori rovereschi fino al 1506. Concesse gli Statuti al vicariato di Mondavio. Nel 1502 suo fratello Guidobaldo I da Montefeltro, duca di Urbino, privo di figli, scelse il nipote come suo successore che si trasferì nella corte per essere educato al ruolo che lo attendeva.
Proprio in quell'anno Cesare Borgia occupò lo Stato di Urbino e la famiglia ducale riparò a Mantova. Giovanna, travestita da frate, fuggì da Senigallia in modo avventuroso imbarcandosi su un battello attraccato al pontile che collegava la rocca all'Adriatico.[9]
Nel 1508 Francesco Maria acquisì il rango di duca di Urbino e la madre, due anni dopo, presenziò alle sue nozze con Eleonora Gonzaga. In seguito, le controversie tra il giovane duca e il porporato Francesco Alidosi fecero sì che le truppe francesi penetrassero nella penisola: il papa Giulio II (fratello di Giovanni Della Rovere) non nascose il proprio malcontento, soprattutto quando Francesco Maria, nel 1511, assassinò l'odiato cardinale. Fu assolto e reintegrato nel ducato soltanto per la mediazione della madre nei riguardi delle decisioni del pontefice.[10][11]
La duchessa di Sora, insigne mecenate, ospitò nella sua corte, come "famigliare", il Perugino e scrisse una lettera, datata 1º ottobre 1504, con la quale raccomandava il giovanissimo Raffaello Sanzio al gonfaloniere di Firenze Pier Soderini, affinché accogliesse il giovane artista in città[12]: alcuni ipotizzano che La Muta, databile al 1507, sia un suo ritratto[13]. Altri studiosi ritengono che gli angeli a fianco della Madonna di Senigallia, di Piero della Francesca, siano i giovanissimi Giovanna e suo marito Giovanni Della Rovere.[14]
Marinella Bonvini Mazzanti, Giovanni Della Rovere, Edizioni 2G, Senigallia 1983.
Marinella Bonvini Mazzanti-Fabio Mariano-Milena Mancini-Paolo Quiri-Alba Macripò, I Della Rovere e la Rocca di Senigallia tra storia e restauro, Stampa Grafica Nanni, Rimini 1995.
Benedetta Borello, Giovanna di Montefeltro, in <Dizionario Biografico degli Italiani>, vol. 76, Treccani, Roma 2012.
Gino Franceschini, I Montefeltro, dall'Oglio, Milano 1979.
Fert Sangiorgi, "La Muta" di Raffaello : considerazioni storico-iconografiche, "Commentari", XXIV/1-2, pagg. 90-97, 1973.
Gian Galeazzo Scorza (a cura di), I Della Rovere 1508-1631, Melchiorri, Pesaro 1981.