Inizia la carriera dell ASEC Abidjan, per poi approdare in Belgio, al RC Genk disputando 31 partite. Vi resta per 4 anni, dal 2000 al 2004 e vince anche il campionato nel 2002. Nel 2004 approda al Saint-Étienne disputando alla prima stagione 35 partite e nella successiva 31. È nel 2006 che Zokora lascia il Saint-Étienne per vestire la maglia del Tottenham. Gioca 31 partite nella prima stagione dove ha l'opportunità di giocare anche in Coppa UEFA, in cui disputa 9 partite.
L'8 luglio 2009 passa alla squadra spagnola del Siviglia e firma un contratto per quattro anni. Il 31 maggio 2011 viene ufficializzato il suo passaggio alla squadra turca del Trabzonspor.[2] il 29 aprile 2014 lascia il Trabzonspor e rimane svincolato. Successivamente approda al Akhisar Belediyesport, squadra turca militante in Süper Lig, e al Pune City, società calcistica indiana.
Nazionale
Ha disputato i mondiali tedeschi del 2006 giocando tutte e tre le partite della sua Nazionale per un totale di 270 minuti e venendo ammonito una volta. Con 123 presenze è il primatista della Nazionale ivoriana.