Non si è mai qualificato per la fase finale della Coppa del mondo, mentre ha preso parte a una fase finale della Coppa d'Africa, nel 2019, dove ha raggiunto i quarti di finale.
Occupa la 100ª posizione nel ranking FIFA,[1] in cui il miglior piazzamento è l'89º posto del 1993, mentre il peggiore è il 190º posto del marzo 2014.
L'esordio della nazionale malgascia risale al 1947 in una partita casalinga persa per 2-1 contro Mauritius. L'incontro rientrava nell'ambito di un triangolare con La Riunione, contro cui il Madagascar colse la sua prima vittoria di sempre (4-2) in una partita valida per il medesimo torneo. Il triangolare tra le tre selezioni si tenne ogni anno sino al 1958. Il 13 luglio 1953 il Madagascar fece registrare il più alto numero di gol in una partita della sua storia, battendo in casa la Riunione per 6-4. La sconfitta più larga nella storia del Madagascar si verificò il 31 luglio 1952 alla Riunione contro Maurizio (0-7).
Anni 1960
Nel 1960 il Madagascar affrontò per la prima volta nazionali diverse dalle due summenzionate. L'occasione fu la partecipazione al torneo tra nazionali francofone tenuto sull'isola di Madagascar. Il 15 aprile 1960 la squadra malgascia sconfisse l'Alto Volta per 6-1. Ai quarti di finale, contro la nazionale dilettanti della Francia, giunse una sconfitta per 2-1. Il 19 aprile il Madagascar batté la Rep. del Congo per 8-1 nella finale di consolazione, raggiungendo il terzo posto nella manifestazione.
Nell'aprile 1963 il Madagascar partecipò ad un altro torneo amichevole per nazionali francofone, stavolta in Senegal. Nel girone affrontò Dahomey, Liberia e Ciad. Vinto per 1-0 contro Dahomey l'11 aprile, sconfisse anche il Ciad (2-1) il 13 aprile e la Liberia (3-1) il 15 aprile. In semifinale, il 19 aprile, fu sconfitto per 2-1 dalla Tunisia e poi perse per 4-1 contro la Francia dilettanti la finale per il terzo posto del 21 aprile, chiudendo quarto.
Nel settembre 1963 il triangolare con Riunione e Maurizio fu ripristinato dopo cinque anni. Il 15 settembre il Madagascar batté in casa la Riunione per 6-1 e il 18 settembre pareggiò per 1-1 contro Maurizio in una partita casalinga che fu sospesa.
Il 19 marzo 2008 la federazione malgascia fu sospesa dalla FIFA a causa di interferenze del governo malgascio nella gestione dell'organo calcistico nazionale.[4]
Nella COSAFA Cup del 2008 il Madagascar si piazzò quarto. Dopo aver vinto il girone con eSwatini, Seychelles e Mauritius, batté l'Angola Under-23, ma in semifinale fu eliminato dal Mozambico. Perse la finale per il terzo posto contro lo Zambia.
Nel maggio 2015 nella COSAFA Cup, in Sudafrica, il Madagascar batté Lesotho e Tanzania, poi pareggiò contro lo eSwatini. Ai quarti di finale sconfisse sorprendentemente il Ghana con un gol nel finale di Jimmy Simouri. In semifinale, tuttavia, fu sconfitto per 3-2 dalla Namibia, malgrado una doppietta di Vombola Sarivahy. Battendo il Botswana nella finale per il terzo posto fece un grosso balzo nella classifica mondiale della FIFA, salendo al 113º posto, miglior piazzamento nella graduatoria nella storia della nazionale del Madagascar.
Il 16 ottobre 2018 la nazionale malgascia si qualificò alla fase finale della Coppa d'Africa 2019 battendo per 1-0 la Guinea Equatoriale[5] e accedendo per la prima volta alla fase finale del torneo, in programma in Egitto. Presentatasi alla fase finale con la rosa dall'età media più avanzata del torneo,[6] ottiene un pareggio per 2-2 contro la Guinea all'esordio, poi batte per 1-0 il Burundi e per 2-0 la Nigeria, vincendo il girone B e qualificandosi agli ottavi,[6] dove elimina la RD del Congo ai tiri di rigore (4-2 dopo l'1-1 dei tempi supplementari), per poi essere eliminata dalla Tunisia (3-0).
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