La Coppa dei Balcani per club 1988-1989 è stata la ventiquattresima edizione della Coppa dei Balcani, la competizione per squadre di club della penisola balcanica e Turchia.
È stata vinta dai greci dell'OFI Creta, al loro primo titolo.[1]
Il detentore della Coppa Balcani (Slavia Sofia) non partecipa.
Il Malatyaspor non si è presentato ad Elbasan e si è ritirato dopo la partita casalinga contro l'OFI Creta. I suoi risultati vengono cancellati.
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