L'Alpha Ethniki 1989-1990 fu la 54ª edizione della massima serie del campionato di calcio greco, conclusa con la vittoria del Panathīnaïkos, al suo quindicesimo titolo.
Capocannoniere del torneo fu Thomas Mavros (Panionios), con 22 reti.
Le squadre partecipanti passarono dalle 16 della stagione precedente alle 18 di quella attuale e disputarono un girone di andata e ritorno per un totale di 34 partite.
Le ultime tre classificate furono retrocesse in Beta Ethniki.
Il punteggio prevedeva due punti per la vittoria, uno per il pareggio e nessuno per la sconfitta.
Il Levadiakos fu penalizzato di quattro punti per un illecito sportivo commesso la stagione precedente.
Le squadre ammesse alle coppe europee furono quattro: i campioni alla Coppa dei Campioni 1990-1991, la vincitrice della coppa nazionale alla Coppa delle Coppe 1990-1991 e seconda e terza classificata alla Coppa UEFA 1990-1991.
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