La Panellenio Protathlema 1938-1939 è stata la decima edizione del campionato di calcio greco concluso il 11 giugno 1939 con la vittoria dell'AEK Atene, al suo primo titolo.
Venne disputata una prima fase regionale con le migliori squadre ammesse alla fase finale dove furono divise in due gironi: quello meridionale (con i club di Atene e dell'Attica) composto da otto squadre che giocarono un girone di andata e ritorno per un totale di quattordici partite e quello settentrionale (con i club di Salonicco e della Tracia) composto da sei squadre che giocarono un girone di andata e ritorno per un totale di dieci partite.
Le vincenti di ciascun girone furono ammesse alla finale con andata e ritorno per il titolo di campione.
Tre punti a vittoria, due a pareggio, uno a sconfitta.
Verdetti
Iraklis Salonicco ammessa alla finale
Finale
La finale di andata si disputò il 4 ad Atene mentre quella di ritorno il 11 giugno 1939 a Salonicco. L'AEK vinse entrambi gli incontri e vinse per la prima volta il titolo.