La Panellenio Protathlema 1945-1946 è stata la dodicesima edizione del campionato greco di calcio, la prima dopo l'interruzione dovuta alla Seconda guerra mondiale, e si concluse con la vittoria dell'Aris Salonicco al suo terzo titolo.
Capocannoniere del torneo fu Vikelidis Kleanthis (Aris Salonicco) con 3 reti.
Le squadre partecipanti disputarono una prima fase a carattere regionale.
Le prime classificate dei gironi di Atene, Salonicco e Pireo si qualificarono alla fase finale dove disputarono un girone di andata e ritorno per un totale di 4 partite.
Alla vincente venivano assegnati 3 punti, due al pareggio e uno in caso di sconfitta.
Squadre partecipanti
Classifica girone finale
Legenda:
- Campione di Grecia
Note:
- Tre punti a vittoria, due a pareggio, uno a sconfitta.
Verdetti
- Aris Salonicco campione di Grecia
Marcatori
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