La Coppa Italia di Serie C 1989-1990 è stata la nona edizione dell'attuale Coppa Italia Lega Pro. La vincitrice è stata la Lucchese che si è aggiudicato il trofeo per la prima volta nella storia battendo il Palermo nella doppia finale.
Formula
Dal 1989-90 è sceso a 14 il numero dei gironi eliminatori: pertanto, oltre alle vincitrice dei relativi raggruppamenti ed alle 10 formazioni che hanno partecipato alla Coppa ItaliaA e B, si sono aggiunte le otto seconde migliori classificate, per un totale di 32 formazioni.[1]