Dopo un'esperienza alla guida del Cruzeiro, venne chiamato nel 1987 dalla CBF per guidare la Nazionale brasiliana in vista della Copa América di Argentina 1987. Silva affidò la squadra ai nuovi talenti Raí e Müller, il primo ventiduenne e il secondo ventunenne, aprendo le porte della nazionale anche a Romário, Ricardo Rocha e Jorginho, tutti futuri campioni del mondo a campionato del mondo 1994. La Copa América 1987 si aprì bene per la squadra brasiliana, con una vittoria per 5-0 sul Venezuela, ma alla partita decisiva contro il Cile la nazionale verdeoro fu sconfitta per 4-0 con doppiette di Basay e Letelier, cedendo così il primo posto nel girone e la conseguente qualificazione alla nazionale cilena. Nonostante questa sconfitta, la federazione mantenne Silva in carica, e l'allenatore vinse i Giochi Panamericani del 1987, tenuti ad Indianapolis. Nel 1988 Silva guidò la nazionale durante le Olimpiadi di Seul 1988, giungendo in finale, ma perse l'oro ai supplementari contro l'Unione Sovietica. Nel 1989 la federazione brasiliana decise quindi di affidare la panchina a Sebastião Lazaroni.
Nel 2000 tornò per la terza volta al Guarani, a 22 anni di distanza dallo storico titolo nazionale; vi rimase fino al 2002, quando ebbe la sua ultima esperienza in Europa, con il Santa Clara, in Portogallo. Nel 2004 allenò per un breve periodo l'América Mineiro, e chiuse la carriera di allenatore nel 2005 alla guida dell'Atlético Mineiro.
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