Első idényében ő volt a védelem állandó pontja, mellette többen váltották egymást, például Andy Morrison vagy Steve Howey. Első szezonját követően a City kiesett a másodosztályba, ekkor Dunne helyzetét folyamatos fegyelmi vétségek nehezítették, és úgy nézett ki, hogy nem lesz hosszú ideig a csapat játékosa. Azonban néhány hónap alatt visszaverekedte magát az első csapatba.
2005-ben ő lett a klubnál az év játékosa, ezt a tettet a következő három szezonban is sikerült megismételnie, ezzel ő lett a csapat történetének első játékosa, aki négyszer kapta meg ezt az elismerést. 2006-ban őt nevezték ki csapatkapitánynak, miután Sylvain Distin úgy nézett ki, hogy távozni fog a csapattól.[3][4]
2008 nyarán négy évvel meghosszabbította szerződését.[5]
Utolsó, 2008-09-es szezonjában negyvenhét alkalommal lépett pályára, és szeptember 21-én huszonkilencedik születésnapját góllal ünnepelte a Portsmouth 6–0-s kiütése alkalmával.[6] 2009 januárjában megkapta nyolcadik Premier League-piros lapját, ezzel beállította Patrick Vieira és Duncan Ferguson rekordját.[7]
Aston Villa
Kolo Touré és Joleon Lescott szerződtetésével Dunne létszámfölöttivé vált, és végül 2009. augusztus 27-én jelentette be hivatalosan az Aston Villa a leigazolását.[8][9][10] Átigazolásának díja ötmillió font volt, és Dunne négyéves szerződést írt alá a klubbal.[11]
Első mérkőzését a Birmingham ellen játszotta, amely 1–0-s győzelemmel zárult. Kezdőként először a Blackburn ellen lépett pályára.[12] Első gólját korábbi klubja ellen szerezte meg október 5-én, a végeredmény ezen az összecsapáson 1–1 lett.[13] Miután nem ünnepelte meg szerzett gólját, nagy tapsot kapott a vendégtábortól.[14] Következő góljára egy hónapot kellett várni, ez végül a Chelsea elleni győzelem alkalmával született meg.
2011-ben őt és csapattársát, James Collinst egyaránt két-kétszázezer fontra büntette meg az Aston Villa edzésmulasztás miatt. Ez mindkettejüknek nagyjából kétheti fizetésüknek felelt meg.[15]
2011. szeptember 25-e óta övé a legtöbb öngól rekordja. Ekkor a QPR ellen kilencedszer talált saját kapujába.[16] A 2011-12-es szezonban egyébként első gólját a Sunderland ellen szerezte.[17]
Első gólját tétmérkőzésen az észtek ellen lőtte 2001-ben. Tagja volt a világbajnokságra utazó ír keretnek is. Végül a Roy Keane-affér után csapatkapitánynak kinevezett Steve Staunton és Gary Breen mögött egyetlen mérkőzésen sem jutott szóhoz. Hasonlóan korlátozottak voltak a lehetőségei az Eb-selejtezőkön, miután olyan konkurenciái akadtak, mint a feltörekvő John O'Shea vagy Kenny Cunningham.
2008-ban, amikor korábbi csapattársa, Staunton lett a szövetségi kapitány, ismét többet játszott.[20] Végül a 12 selejtezőből mindössze hármat hagyott ki, sérülés, illetve eltiltás miatt.
A 2010-es vb selejtezői előtt a szövetségi kapitány az olasz Giovanni Trapattoni lett.[21] Ekkor minden egyes mérkőzésen játszott, Bulgária ellen a meccs emberének választották.[22] Részt vett a Franciaország ellen vitatott körülmények között elvesztett pótselejtezőn is.[23][24]