1940-ben Észtország szovjet megszállás alá került és egészen 1991-ig nem játszottak egyetlen válogatott mérkőzést sem. A függetlenségük kivívása utáni első válogatott mérkőzésüket Szlovénia ellen játszották 1992. június 3-án, Tallinnban. A találkozó 1–1-es döntetlennel ért véget.
A válogatott története
Kezdetek
Az első válogatott mérkőzésüket 1920. október 17-én játszották Finnország ellen, melyen 6–0-s vereséget szenvedtek. Nemzetközi tornán ezidáig egy alkalommal szerepeltek, az 1924. évi nyári olimpiai játékokon Párizsban. A tornán lejátszott egyetlen mérkőzésükön az Egyesült Államok-tól kaptak ki 1–0 arányban.
Szovjet megszállás alatti időszak (1940–1991)
1940-ben Észtország a Szovjetunió része lett és az is maradt egészen 1991-ig. A függetlenné válásuk utáni első mérkőzésüket 1991. november 15-én Litvánia ellen a Balti kupában játszották. Az első tétmérkőzésükre pedig 1992. június 3-án került sor TallinnbanSzlovénia ellen, ami 1–1-es döntetlennel zárult.
Soha nem léptek ki a FIFA-ból, csupán "jegelték" tagságukat, amit 1992-ben ismét megerősítettek.
A függetlenné válás utáni időszak
A függetlenné válás utáni időszakban Észtország volt a három balti állam közül papíron a leggyengébb és legszerényebb képességű válogatott. Az 1996-os Európa-bajnokság selejtezőiben 7–1-re kaptak ki a horvátoktól. A lejátszott tíz selejtezőből mind a tízet elveszítették. Ebben az időszakban Észtországban nem volt olyan stadion, melynek lett volna világítása. Emiatt az 1996. október 9-én rendezett Skócia elleni világbajnoki selejtező elmaradt. A mérkőzést végül Monacóban játszották le.
A 2002-es világbajnokság selejtezőiben két győzelmet értek el Andorra ellen és kétszer játszottak döntetlent Ciprussal. Nyolc ponttal a selejtezőcsoport negyedik helyén végeztek, megelőzve a már említett két válogatottat.
A 2006-os vb-selejtezőibenLiechtensteint és Luxemburgot mindkét alkalommal legyőzték. Lettország ellen otthon 2–1-re győztek, idegenben 2–2-es döntetlent értek el. Végül öt győzelemmel, két döntetlennel és öt vereséggel a negyedik pozícióban zárták.
2008-ban Tarmo Rüütlit nevezték ki a szövetségi kapitányi posztra. A 2010-es világbajnokságselejtezőit az ő irányítása alatt játszották le. Az 5. csoport, ötödik helyén végeztek nyolc ponttal. A két győztes találkozójuk közül kiemelkedett a Belgium felett aratott 2–0-s győzelem.
A válogatottjuk történetének egyik legnagyobb sikerrel zárult mérkőzését a 2012-es Európa-bajnokságselejtezőinekC csoportjában, 2010. október 8-án érték el Szerbiát legyőzve 3–1-re idegenben. A selejtezősorozat végén a pót-selejtezőt érő második helyen végeztek 5 győzelemmel, 1 döntetlennel és 4 vereséggel. A pót-selejtezőben Írországot kapták ellenfélül. Az első mérkőzésre Tallinnban került sor, melyet az írek 4–0-ra megnyertek.[3] A visszavágó gyakorlatilag már tét nélkül zajlott, de legalább egy döntetlent elértek az észtek (1–1).
A FIFA világranglistáján eddig 2012 decemberében álltak a legmagasabb pozícióban. (47. hely)
2016-os Eb-selejtezők
A 2016-os Európa-bajnokság selejtezőinek kisorsolása után Anglia, Litvánia, San Marino, Svájc és Szlovénia társaságában az E csoportba kerültek. Hazai mérkőzéseik közül hármat megnyertek, Szlovéniát és Litvániát 1–0-ra, San Marinót 2–0-ra győzték le. Összesen tíz pontot szereztek, amivel a negyedik helyen zártak.
Az észt válogatott hazai szerelése kék mez, fehér nadrág és fekete sportszár. A váltómez a leggyakrabban fehér mezből, kék nadrágból és fehér sportszárból áll.
1922
1924
1992–
Játékosok
Jelenlegi keret
Az 2018. október 12-i Finnország és az október 15-i Magyarország elleni Nemzetek Ligája-mérkőzések kerete. A pályára lépések és a gólok száma 2018. szeptember 11-i Finnország elleni mérkőzés után lett frissítve.
2001. óta a hazai pályán rendezett mérkőzéseiknek a tallinni A. Le Coq Aréna ad otthont, melynek befogadóképessége 9692 fő, de szükség esetén ez további ülőhelyekkel 11000 fő számára kibővíthető. A stadiont 2001. június 2-án egy Hollandia elleni 2002-es világbajnoki selejtezőn avatták fel. Észtország legnagyobb stadionja, mely a válogatott mellett a Flora Tallinn otthona is egyben.
A korábbi hazai mérkőzések színhelye a Kadrioru Stadion volt, mely 1926 júniusában nyitotta meg kapuit egy Lettország elleni 3–1-es győzelem alkalmával. Ez az aréna 5000 fő befogadására volt alkalmas. További észt városok, ahol szintén rendeztek már barátságos válogatott mérkőzéseket a következők: Kohtla-Järve, Kuressaare, Narva, Pärnu, Tartu, Valga and Viljandi.