A szövetséget 1930-ban alapították, azonban 16 évig kellett várni az albán válogatott első mérkőzésére. Jugoszlávia ellen léptek pályára 1946-ban. A FIFA-hoz 1932-ben csatlakoztak, az UEFA-nak 1954 óta tagjai.
Az albán labdarúgó-válogatottat hamarabb létrehozták, mint az Albán labdarúgó-szövetséget, de ettől függetlenül egyetlen mérkőzést sem játszott. A szervezetet 1930. június 6-án alapították és nem sokkal később tagja lett a FIFA-nak. Az első hivatalos mérkőzésüket 1946. október 7-én játszották Jugoszlávia ellen. Még ebben az évben Albánia indult a Balkán-bajnokságon, amit megnyertek, miután a döntőben 1–0-ra legyőzték Romániát. 1954-ben Albánia egyike volt az UEFA alapító tagállamoknak, de ennek ellenére az 1950-es években szinte teljes elszigeteltség jellemezte az albán labdarúgást. 1954–1963 között mindössze egyetlen nemzetközi mérkőzést játszott - az NDK ellen. Komolyabb nemzetközi megmérettetésen az 1964-es Európa-bajnokság selejtezőiben vett részt először.
A világbajnoki selejtezőkben először 1966-ban indult. A csoportjukban mindössze egy pontot szerezve az utolsó helyen végeztek.
Bár az albán válogatott nem tartozott Európa legjobbjai közé, néha sikerült meglepő eredményeket elérniük nagyon jó csapatok ellen. Az 1968-as EB selejtezőjében 0–0-t játszottak az NSZK-val, amely eredmény végül is a németek vesztét okozta. Ebben az időszakban Albánia meglehetősen vitathatóan magasztalta nagyszerű játékosát, Panajot Pano-t. Az elkövetkező években politikai okokból nem indultak az 1970-es és 1978-as világbajnokság, illetve az 1972-es, 1976-os és az 1980-as Európa-bajnokság selejtezőiben. Hat év után az 1982-es világbajnokság selejtezőiben indultak ismét.
A 2012-es Európa-bajnokság selejtezőiben 10 mérkőzésen 9 pontot szereztek. Ciprust 6–1-re verték hazai pályán, ami az albán válogatott történetének egyik legnagyobb arányú győzelme.
2012 februárjában az olasz Gianni De Biasit nevezték ki a szövetségi kapitányi posztra, a 2014-es világbajnokság selejtezőit az ő irányítása alatt kezdték. Norvégiát idegenben győzték le 1–0-ra. Szlovénia ellen szintén 1–0-s győzelmet ünnepelhettek. A selejtezők végén Ciprust megelőzve a csoport ötödik helyén végeztek.
2016-os Európa-bajnokság
A 2016-os Európa-bajnokság selejtezőiben Albánia a sorsolást követően az I csoportba került; Dánia, Örményország, Portugália és Szerbia társaságában. Első mérkőzésükön Portugáliát sikerült legyőzniük idegenben 1–0-ra. Ezt követően Dániával játszottak 1–1-es döntetlent hazai pályán. A Szerbia elleni idegenbeli selejtező a 42. percben félbeszakadt. A pálya felett egy drón jelent meg, amelyen egy Nagy-Albániát ábrázoló zászló volt.[3] Később a mérkőzés három pontját 3–0-s gólkülönbséggel végül az albánoknak ítélték oda.[4] Örményországot hazai pályán 2–1-re győzték le, ami a Dánia elleni idegenbeli 0–0-s eredmény követett. A selejtezőkben az első vereségüket Portugáliától szenvedték 1–0 arányban. Szerbiától szintén hazai pályán kaptak ki 2–0-ra. Utolsó mérkőzésükön Örményországot verték 3–0-ra, ami azt jelentette, hogy történetük során első alkalommal jutottak ki az Európa-bajnokságra és egyben rangos nemzetközi tornára.
Az Európa-bajnokságon az A csoportba kerültek; a házigazda Franciaország, Románia és Svájc mellé. Első mérkőzésükön Svájctól szenvedtek 1–0-s vereséget.[5] A találkozó érdekessége volt, hogy a svájci válogatottban több albán származású játékos is szerepelt. A legérdekesebb talán a testvérpár Granit Xhaka és Taulant Xhaka helyzete volt, előbbi a svájci, utóbbi az albán csapatban játszott.[6] A Franciaország elleni mérkőzés egészen a 90. percig 0–0-ra állt, de ekkor Antoine Griezmann-nak sikerült betalálnia. A végig masszívan védekező albánok megtörtek és a 95. percben még egy gólt kaptak, így 2–0-ra elveszítették az összecsapást.[7][8] Utolsó csoportmérkőzésükön sikerült megszerezniük a történelmi jelentőségű győzelmet.[9]Armando Sadiku góljával 1–0-ra legyőzték Romániát és még volt remény a továbbjutásra, de mint utólag kiderült Albánia lett az egyik csoportharmadik, akinek búcsúznia kellett a tornától.
A 2024-es Európa-bajnokság selejtezőiben Albánia a sorsolást követően az E csoportba került; Lengyelország, Csehország, Moldova és a Feröer-szigetek társaságában. A csoportbeli első mérkőzésüket elvesztették 1–0-ra Lengyelország ellen. Ezt követően viszont sikerült legyőzniük 2–0-ra Moldovát, majd idegenben 1–3-ra diadalmaskodtak a Feröer-szigetek ellen. Csehországgal egy idegenbeli 1–1-es döntetlent játszottak, majd ezután hazai pályán 2–0-ra verték el a lengyeleket. Ezután következett legnagyobb győzelmük a sorozatban: hazai pályán 3–0-ra verték el Csehországot. A Moldova elleni idegenbeli 1–1-es döntetlen által matematikailag is kijutottak az Európa-bajnokságra, egy hazai 0–0-s döntetlen a Feröer-szigetek ellen pedig a csoportelsőséget jelentette az albán válogatott számára.
Az albán labdarúgó-válogatott hagyományos szerelése: vörös mez, fekete nadrág és vörös sportszár. A váltómez leggyakrabban fehér mezből, fehér nadrágból és fehér sportszárból áll.