O’Shea 1998-ban, 17 évesen kapott profi szerződést a Manchester Unitedtől. 1999-ben, egy Aston Villa ellen 3–0-ra elveszített Ligakupa-meccsen debütált az első csapatban. A következő években csapata kölcsönadta a Bournemouth-nak és a Royal Antwerpnek is, hogy tapasztalatot gyűjtsön. A 2002–03-as szezontól számított rá komolyabban a United, az idény során szélső hátvédként, középhátvédként és védekező középpályásként is pályára küldték.
A következő szezonban a Vörös Ördögöknek nélkülözniük kellett a kihagyott drogteszt miatt hosszú időre eltiltott Rio Ferdinandot. O’Shea-ra bízták a pótlását, aki jó munkát végzett, és a csapat be is jutott az FA-kupa döntőjébe, ahol 3–0-s győzelmet aratott a Millwall felett. A 2004–05-ös évad középszerűre sikerült a számára, időközben a Newcastle Uniteddel és a Liverpoollal is szóba hozták, de a manchesterieknél maradt. Az idény során lőtt egy gólt az Arsenal ellen, ő állította be a 4–2-es végeredményt, amikor átemelte a labdát Manuel Almunia fölött.
O’Shea 2001. augusztus 15-én kapott először lehetőséget az ír válogatottban, csereként léphetett pályára Horvátország ellen. Nem sikerült jól a debütálása, ugyanis a hosszabbításban büntetőhöz juttatta az ellenfelet.