1979-ben a TSV Gilching-Argelsried csapatában kezdte a labdarúgást. 9 évesen már a Bayern München korosztályos együttesében játszott. Az 1991–92-es idényben mutatkozott be az élvonalban. 12 alkalommal szerepelt a Bayern első csapatában ebből nyolcszor kezdőjátékosként. 1992 augusztusában a Hamburger SV együtteséhez igazolt és többnyire az első csapatban szerepelt, ahol megszerezte első Bundesliga gólját. 1994-ben visszatért a Bayernhez és a következő hat idényen át a bajor klub játékosa volt. Három bajnoki címet és két német kupa-győzelmet ért el a csapattal. Tagja volt az 1995–96-os UEFA-kupa győztes csapatnak és az 1998–99-es idényben bajnokok ligája döntős együttesnek.
2000 júniusában Gérard Houllier a Liverpool FC menedzsere megvásárolta. Első szezonjában meghatározó játékosa volt a csapatnak, amely megnyerte a 2000–01-es UEFA-kupát. Liverpooli pályafutását egy egyéves kihagyás törte meg, mikor Guillain–Barré szindrómát diagnosztizáltak nála.[1] 2003 augusztusában miután felépült egy idényre kölcsönbe a Blackburn Rovers csapatához került,[2] 25 alkalommal szerepelt bajnoki mérkőzésen és három gólt szerzett. 2004 júliusában szabadon igazolható volt hazatért a VfB Stuttgart együtteséhez. Három idényen át 46 alkalommal szerepelt az élvonalban és két gólt ért el. 2007 januárjában bejelentette, hogy a szezon végével visszavonul az aktív labdarúgástól.
Visszavonulása után utolsó klubjánál maradt mint segédedző.[4] 2008. november 24-én a csapat vezetőedzőjének nevezték ki.[5] Amikor átvette a csapat szakmai irányítását a 11. helyen álltak a Bundesligában 14 fordulót követően. A bajnokságot a harmadik helyen zárták öt ponttal lemaradva a bajnok VfL Wolfsburg mögött és kvalifikálták magukat a következő bajnokok ligája idényre. 2009. május 6-án szerződését 2011 nyaráig meghosszabbította a VfB Stuttgarttal,[6] de már ez év december 6-án felmondtak neki mivel a csapat csak 16. helyen állt a bajnokságban 15 forduló után.[7] 2009 őszén még Babbel irányítása alatt a VfB Stuttgart a bajnokok ligája csoportkörében a csoportjában a második helyen végzett és bejutott a legjobb 16 közé.
Babbel 2010 júliusában vette át a másodosztályú Hertha BSC szakmai irányítását.[8]
Rögtön az első idényben megnyerte a csapattal a bajnokságot és feljutottak az élvonalba. A bajnokság során egy alkalommal Dárdai Pál is szerepelt a csapatában. 2011. december 18-án a Hertha kirúgta a vezetőedzői állásból.[9]
2012. február 10. és december 3. között a TSG 1899 Hoffenheim vezetőedzője volt, de a csapat csak a 16. helyen állt a Bundesligában ezért a gyenge szereplés miatt felmodtak neki.[10][11]
