האתר מתואר במקרא בספר יהושע, ספר שופטים וספר שמואל, כמו כן מופיע שילה בהקשר של אופן אכילת הקרבנות במסכת מגילה ואין בידינו תיאורים מקבילים ממקורות חיצוניים.
שמו
הכינוי הנפוץ "משכן שילה", מופיע בתנ"ך רק בספר תהילים, פרק ע"ח, פסוק ס', שם הוא מוזכר על מנת להנגיד את ארעיותו של משכן שילה שחרב מול המקדש בירושלים. בספר שמואל הוא מוזכר כבית ה'[2] או כהיכל ה'[3] ובספר שופטים כבית האלהים[4] בספר ירמיהו הוא מוזכר כ"מקומי אשר בשילו, אשר שיכנתי שמי שם"[5].
הקמתו
ארבע עשרה שנים לאחר כניסת שבטי ישראל לארץ ישראל לאחר כיבוש רוב הארץ, שבמהלכן נדד ארון הברית מחזית לחזית עם אנשי הצבא מתוך תקוה שה' יעזור לבני ישראל לנצח במלחמה, התאסף כל העם בעיר שילה שבנחלת אפרים במטרה לבנות משכן קבע לארון הברית (יהושע יח 1), ולייחד מקום לעבודת הקרבנות[6]. המבנה שהוקם היה בית אבנים מחופה ביריעות, ובתוכו הונחו ארון ברית ה' וכלי המקדש. כדי לקדש את המשכן הרכיב יהושע מחדש את הסנהדרין שכלל שבעים זקנים, וזאת על מנת לעמוד בכלל ההלכתי הדורש נוכחות סנהדרין במעמד קידוש מקום להשראת השכינה.
באותו מעמד הושלמה גם חלוקת הארץ באמצעות הטלת גורל על פי ה' באמצעות אלעזר הכהן ויהושע בן נון, בגורל זו זכו הכהנים ושאר בני לוי ב48 ערים ומגרשיהן. כמו כן, השבטים שעדיין לא קיבלו את חלקם בארץ זכו לנחלה באותו מעמד.
קדושתו
קדושת משכן שילה הייתה זהה לקדושת בית המקדש שבירושלים ולפיכך הייתה זהות גם בכל ההלכות שנהגו בהם. לבד מהלכת מקום אכילת קדשים קלים שבירושלים הותרה אכילתם רק בין החומות, ובמשכן שילה הותרה אכילתם בכל מקום שממנו ניתן היה לראות את המשכן ואפילו אם היה מיקומו מרוחק מאוד מהעיר.
בזמן משכן שילה היו אסורים ישראל להקריב קרבנות בכל מקום אחר לבד מן המזבח שבמשכן. המשנה במסכת מגילה מדגישה את ההבדל בין משכן שילה לבית המקדש בירושלים בכך שלאחר חורבן שילה הותרה הקרבת קרבנות לאו דווקא במזבח המשכן, ואילו לאחר חורבן ירושלים לא הותרה הקרבה פרטית.
זמן היות המשכן בשילה קרוי בפי הנביאים 'זמן מנוחה', לאמור זמן מנוחה מן המלחמות אולם עדיין לא 'זמן נחלה' דהיינו בניית בית המקדש במיקומו הקבוע, המסמל את גמר התהוות שבטי ישראל לעם ישראל.
החורבן
בשלהי תקופת משכן שילה בעת זקנת עלי הכהן שלטו בניו חפני ופנחס בבית ה'. הכתוב מתארם כ"בני בליעל – אשר לא ידעו את ה'". מעשיהם הרעים עוררו את כעסו של ה' שבנבואה יוצאת דופן בחריפותה הודיע לעלי באמצעות שמואל הנביא שהיה אז נער הגדל בבית ה', ואביו אלקנה, כי חורבן ממשמש לבוא. ואכן בהתפרצות הבאה של גל האלימות שהתקיים במחזוריות עם הפלשתים השכנים, לאחר שנחלו ישראל תבוסה בקרב הראשון, יצאו חפני ופנחס עם ארון הברית לקרב השני באפק, בחדשם בכך את המנהג הקדום שהיה נהוג בראשית התיישבות העם בארץ. דבר שלא הועיל. חפני ופנחס מתו, וארון ברית ה' נלקח בשבי הפלשתים. בשמוע עלי את הבשורה, נפל מכיסאו, שַׁבַר את מפרקתו ומת.
כנראה בעקבות מלחמה זו, עקב איבוד עלי ובניו ששמשו במשכן, והגלית ארון הברית - משכן שילה חרב.
לאחר החורבן
התלמוד[7] דורש את הביטוי המקראי "תאנת שילה"[8], שמקום המשכן היה נקרא כך, משום שכל העובר שם היה נאנח על החורבן.
לאחר החורבן חודש היתר הקרבת קורבנות בבמות, ועד הקמת בית המקדש בירושלים בימי שלמה המלך היה מותר לכל אדם להקריב קורבנות נדבה בכל מקום שרצה[9].
בספר ירמיהו, בפרק כ"ו פסוק ט', מופיע המשכן בשילה כסמל לחורבן.
חוקרים בימינו מציעים שלוש אפשרויות לזיהוי מקום המשכן בשילה.
ישראל פינקלשטיין סבור שיש לאתר את המשכן בפסגת תל שילה. זאת בדומה למקדשים כנעניים באתרים אחרים שהיו ממוקמים במקום הגבוה ביישוב. בנוסף, המשלחת שחפרה בשילה בראשותו בראשית שנות ה-80 חשפה במערב התל חומה כנענית ושני מגדלים. המרחק בין שני המגדלים הוא כ-25 מטרים, הרומזים ל-50 אמה, רוחב המשכן. על כן סבר פינקלשטיין שאותה חומה מהווה, אולי, הקיר המערבי של המשכן שעמד בשילה.
בנוסף לכך על הגבעות הצופות למקום המשכן המשוער נמצאו שברי חרסים רבים, אך רק מהגבעות מהן ניתן לראות את המקום, בגבעות מהן לא ניתן לראות את מקום המשכן לא נמצאו כלל חרסים[דרוש מקור]. ממצאים אלו תואמים את ההלכה שניתן לאכול קודשים קלים מכל מקום בו ניתן לראות את המשכן.
השערה נוספת של פרופ' פינקלשטיין היא שהמקדש הקדום בשילה שימש תחילה כמרכז פולחני של אל, ראש הפנתיאון הכנעני, ננטש ומאוחר יותר אומץ מחדש כמקדש של ה'. השערה זו נתמכת גם במיקומו של התל - מצפון לבית-אל, ממזרח לפדו-אל וממערב לפצ-אל; ונרמז בתנך (למשל בירמיהו ז' יב).
