חפני ופינחס מכונים על ידי המקרא בכינוי החריף "בני בליעל", על חטאם: בכל פעם שבא אדם להקריב קרבן במשכן, הם היו באים לכלי בו התבשל הבשר, ולוקחים לעצמם. בנוסף, לפני שהיו מקטירים את החֵלֶב על המזבח, היו לוקחים בשר חי מאת המקריב, ולא מסכימים כשביקש שיחכו עד שיקריבו את החלב. בנוסף, מוזכר בהמשך שחטאם היה "אֲשֶׁר יִשְׁכְּבוּן אֶת הַנָּשִׁים הַצֹּבְאוֹת פֶּתַח אֹהֶל מוֹעֵד"[2]. בגמרא התייחסו לחטא זה והסבירו את הפסוק שלא כפשוטו: ”כל האומר בני עלי חטאו (באשת איש) אינו אלא טועה”, אלא שכאשר הנשים היו באות להקריב את קרבנותיהם, היו מעכבים אותן, וגורמים להן להשתהות, ובכך מנעו אותן מקיום מצוות פרייה ורבייה על בעליהן, ולפיכך ”מעלה עליהן הכתוב כאילו שכבום”[3]. בגמרא[4] מובאת שיטה האומרת שרק חפני חטא והפסוק מציין גם את פינחס בחטא, כי לא מיחה בו.
עלי אביהם שמע על חטאם, וניסה להוכיח אותם, אך הם לא שמעו לו והמשיכו לחטוא. בעקבות זאת, בא איש האלוהים אל עלי, והודיע לו שכעונש על חטא בניו ייענשו כל צאצאיו, ואף אחד מהם לא יזכה להגיע לזקנה. הוא אף נתן לו סימן שהנבואה תתקיים: ששני בניו, חפני ופינחס, ימותו שניהם באותו יום.
באותה תקופה היה שמואל הנביא ילד, והוא גדל במשכן עקב נדרהּ של אמו חנה, שהילד שייוולד לה יוקדש ל-ה' לכל ימיו. באחד הלילות שמע שמואל קול קורא לו, וחשב שזה עלי, אך לאחר שבא אל עלי שלוש פעמים ובכל פעם אמר עלי שלא הוא שקרא לו, הבין עלי שזוהי נבואה, וציווה על שמואל לשכב במקומו. כששמע שוב שמואל את הקול הקורא לו, השיב: "דבר כי שומע עבדך", והתנבא גם הוא נבואת פורענות על בית עלי, לפיה לא יכופר לבית עלי לעולם.
קללת בני עלי
בני עלי חפני ופנחס נתקללו שימותו באותו יום, אבל גם צאצאיהם נתקללו שלא יאריכו ימים, וכן שיהיו עניים :
עם זאת, האמוראים מצאו שעיסוק בתורה יביא תרופה לקללת הצאצאים. במשפחות טוויל עוברת מסורת שהם מבני עלי וכוהנים הם.
"וּבָנִיתִי לוֹ בַּיִת נֶאֱמָן, וְהִתְהַלֵּךְ לִפְנֵי-מְשִׁיחִי כָּל-הַיָּמִים" - זו הפסקת הכהונה הגדולה מבני איתמר, והעברתה לצאצאי אלעזר הכהנים בני צדוק.
תקפות הקללה בזמננו
בהקדמת "עץ חיים" לר' חיים ויטאל, כתב שיש ברייתא מבית מדרשו של רבי ישמעאל, שמסייגת את תוקפן של שלוש השבועות בשיר השירים, "השבעתי אתכם" ומצמצמת אותן לאלף שנה. מוסבר שם, כי שבועת / קללת עולם, תקפה עד 1000 שנה ולא יותר. לפיכך יובן מדוע כל הנבואות שנתנבא שמואל על בית עלי, היו אומנם תקפות בזמן התנאים והסיפור על צאצאיו מוכיח זאת. אולם, בדורנו, לאחר שעברו עוד כאלף שנים מאז, נמצא שהן בטלות וממבוטלות.
המלחמה בפלשתים
לאחר זמן, יצאו ישראל למלחמה בפלשתים, אך הפסידו במערכה הראשונה, בה נהרגו 4,000 איש מישראל. זקני ישראל הציעו להביא לשדה הקרב את ארון הברית, וכך לגרום ש-ה' יבוא ויסייע בידם. העם שלח שליחים, והביא את הארון, ואתו באו גם חפני ופינחס. אך כאשר פלשתים שמעו שבא הארון, הם נבהלו, כי פחדו שישראל ישעבדו את כולם, ולכן התחזקו מאוד - והביסו את ישראל. 30,000 איש נהרגו מישראל באותו יום, וביניהם חפני ופינחס, וארון הברית נפל בשבי פלשתים. כך התקיימה נבואתו של איש האלוהים.
כאשר הגיע שליח לשילה, להודיע על התבוסה, נפל עלי מכסאו ומפרקתו נשברה. כשאשתו של פינחס, שהייתה בהיריון, שמעה על מות בעלה, אחזוה צירי לידה, וילדה בן שקראה לו 'אי-כבוד'.