ואג'פאיי נבחר לראושנה ללוק סבהה בבחירות ב-1957.[2] הוא היה חבר הפרלמנט ההודי במשך יותר מחמישה עשורים, לאחר שנבחר ללוק סבהה, הבית התחתון, עשר פעמים, ופעמיים לרג'יה סבהה, הבית העליון. הוא שימש כחבר הפרלמנט מטעם לאקנאו עד 2009, כאשר פרש מפעילות פוליטית בשל בעיות בריאותיות. ואג'פאיי היה בין מייסדי מפלגת בהרטיה ג'אנה סנג ושימש כנשיאה בשנים 1968–1972.
ואג'פאיי היה בין מנהיגי האופוזיציה שנעצרו במהלך מצב החירום בהודו, ושהה במאסר מיוני 1975 ועד מרץ 1977.[3]
בבחירות ללוק סבהה ב-1984 הובסה המפלגה כליל, כשהיא מקבלת רק שני מושבים בלוק סבהה, וואג'פאיי עצמו לא הצליח להיבחר לבית.[7] ב-1986 החליף אותו לאל קרישנה אדוואני כנשיא המפלגה, תפקיד בו החזיק עד 1994, כאשר נאלץ להתפטר עקב פרשת שחיתות.
ראש ממשלת הודו
לקראת הבחירות ללוק סבהה ב-1996, נבחר ואג'פאיי למועמד מפלגת העם ההודית לראשות ממשלת הודו. לאחר הבחירות, בהן הייתה המפלגה למפלגה הגדולה בלוק סבהה, השביע נשיא הודושנקר דיאל שרמה את ואג'פאיי כראש ממשלה ב-16 במאי 1996, והוטל עליו לקבל את אימון הלוק סבהה בתוך שבועיים, עד 31 במאי.[8] ב-28 במאי הגיש ואג'פאיי, שכשל בניסיונו לגבש קואליציה את התפטרותו מהתפקיד, אך המשיך לכהן בתפקיד במשך שלושה ימים נוספים, עד להשבעת ה. ד. דווה גאודה ב-1 ביוני 1996.[9]
לאחר הבחירות ללוק סבהה ב-1998 שוב הייתה מפלגת העם ההודית המפלגה הגדולה בלוק סבהה, והפעם עלה בידי ואג'פאיי לגבש קואליציה והוא הושבע כראש ממשלת הודו ב-19 במרץ.[10] בתחילת כהונתו כיהן ואג'פאיי גם שר החוץ, עד שבדצמבר 1998 מונה לתפקיד זה ג'סוואנט סינג. בתקופת כהונתו כראש ממשלה, ביצעה הודו את הניסוי הגרעיני פוקרהן II ב-1998. ואג'פאיי אשר ביקש לשפר את היחסים הדיפלומטיים עם פקיסטן, נסע ללאהור באוטובוס כדי להיפגש עם ראש ממשלת פקיסטןנוואז שריף.
באפריל 1999 משכה אנה דראווידה מונטרה קזגאם הכלל הודית, אחת מהמפלגות התומכות בקואליציה של ואג'פאיי את תמיכתה,[11] גורמת לממשלת ואג'פאיי להפסיד בהצעת אי-אמון 269-270, וואג'פאיי התפטר אך המשיך לכהן כראש ממשלת מעבר.[12] והוכרז על בחירות שנערכו בספטמבר ואוקטובר 1999.
במהלך ממשלת ואג'פאיי הראשונה פרצה מלחמת קרגיל עם פקיסטן, בה השתלטו כוחות פרו-פקיסטניים וכוחות מוסווים על עמדות צבא הודו בקרחון סיאצ'ן במהלך החורף של 1998-1999, וצבא הודו, לו נודע על כיבושן ב-3 במאי 1999 כבש מחדש את הקרחון במאי עד יולי 1999.
בינואר 2004 החליט ואג'פאיי, בעקבות הצלחה המפלגה בבחירות לאספה המחוקקת של ראג'סטאן, מאדהיה פרדש וצ'האטיסגאר בספטמבר 2003, להקדים את הבחירות, בעצת האסטרטגים של המפלגה, בהם פרמוד מהג'אן, שסברו שהקמת הבחירות תסייע למפלגה לרכוב על הגל.[13]נשיא הודועבדול קאלאם נענה לבקשה ב-27 בינואר 2004 והקדים את פיזורו של הלוק סבהה ל-6 בפברואר 2004.[14] בבחירות, שנערכו באפריל ומאי 2004 הובסה המפלגה, ומאנמוהאן סינג הושבע לראש ממשלה ב-19 במאי 2004.
פרסים והוקרה
ב-1994 קיבל ואג'פאיי את עיטור הפרלמנטר המצטיין של הודו.