En 1781, cando San Martín tiña 3 anos, a familia trasladouse de Yapeyú a Bos Aires. Logo mudáronse a España, embarcando rumbo a Cádiz o 6 de decembro de 1783. San Martín comezou os seus estudos no Real Seminario de Nobres de Madrid e na Escola de Temporalidades de Málaga en 1786. Alí aprendeu latín, francés, castelán, baile, debuxo, poética, esgrima, retórica, matemática, historia e xeografía.
En 1789, aos once anos de idade, comeza a súa carreira militar no rexemento de Murcia, mentres estalaba a Revolución Francesa. Loitou na campaña do norte de África combatendo os mouros en Melilla e Orán. En 1797 é ascendido a subtenente polas súas accións nos Pireneos fronte aos franceses 1793. En agosto dese ano o seu rexemento, que participara nas batallas navais contra a frota inglesa no Mediterráneo, rendeuse. Durante o período que segue loita, co grao de capitán 2° de infantaría lixeira, en diferentes accións en Xibraltar e Cádiz.
En 1808 as tropas de Napoleón invaden a Península e o rei Fernando VII é feito prisioneiro. Estala a rebelión contra o emperador e contra o seu irmán José Bonaparte, que fora proclamado Rei de España. Establécese unha Xunta de Goberno que actúa primeiro en Sevilla e logo en Cádiz. San Martín é ascendido pola Xunta ao cargo de axudante 1 ̊ do rexemento de Voluntarios de Campo Maior. Distinguido polas súas accións contra os franceses, é ascendido a capitán do rexemento de Borbón. O exército ataca e vence aos franceses na Batalla de Bailén o 19 de xullo de 1808, tendo San Martín unha actuación destacada.
Esta vitoria permite ao exército de Andalucía recuperar Madrid e é a primeira derrota importante das tropas de Napoleón. San Martín recibe o grao de tenente coronel e é condecorado cunha medalla de ouro. Continúa loitando contra os franceses no exército dos aliados: España, Portugal e Inglaterra. Combate ás ordes do xeneral Beresford na batalla de Albuera. Coñece a Lord Macduff, nobre escocés, que o introduce nas loxas secretas que conspiraban para conseguir a independencia de América do Sur. Aí fai contacto por primeira vez con círculos de liberais e revolucionarios, que simpatizaban coa loita pola independencia americana.
En xaneiro de 1812 San Martín embarca cara a Bos Aires na fragata inglesa George Canning. Foi recibido polos membros do Primeiro Triunvirato, que lle recoñeceron o seu grao de Tenente Coronel. O 16 de marzo pedíronlle que crease un rexemento de soldados para custodiar as costas do Paraná. Xunto con Carlos María de Alvear e José Matías Zapiola funda a Loxa Lautaro de Bos Aires. Debido á política centralista que seguía o Triunvirato, a Loxa, xunto á Sociedade Patriótica, vía no goberno un obstáculo para os seus plans. O 8 de outubro marchan os soldados, acompañados por San Martín e os demais membros, a esixir a renuncia dos triunviros. O 12 de novembro de 1812 contrae matrimonio con Remedios de Escalada, de 15 anos.
As costas do Paraná eran atacadas permanentemente polos españois e San Martín instalouse coas súas tropas no convento de San Carlos, posta de San Lourenzo. O 3 de febreiro de 1813 e ante o desembarco de 300 españois, produciuse na zona o Combate de San Lourenzo.
Logo desta vitoria San Martín foi designado para facerse cargo do Exército do Norte, onde debeu substituír o xeneral Manuel Belgrano. Dende o seu recente cargo de Maior Xeral do Exército Auxiliar do Perú debía reorganizar un exército desfeito polas derrotas de Vilcapugio e Ayohuma. Acordou con Martín Miguel de Güemes a defensa da fronteira norte e comezou a preparar unha futura estratexia militar. Deixou brevemente o mando do exército retirándose a Córdoba para repoñerse dunha úlcera estomacal.
En 1814Gervasio Antonio Posadas nomeouno Gobernador de Cuyo. O seu plan xa estaba terminado e aprobado. A partir dese momento San Martín comeza os preparativos da organización do Exército dos Andes.
San Martín e O'Higgins, contando coa axuda de Lord Thomas Cochrane, organizan unha expedición por vía marítima que partiu o 20 de agosto de 1820 do porto de Valparaíso. O 12 de setembro chegan ao porto de Pisco, Perú, para finalmente chegar a Lima en xullo de 1821. O día 28 San Martín declara a independencia e é nomeado Protector do Perú con autoridade civil e militar. Goberna o Perú dende o 3 de agosto de 1821 ata o 20 de setembro de 1822.
Durante o seu protectorado recibe un pedido de axuda do xeneral Sucre, lugartenente de Bolivar, para a campaña en Ecuador. San Martín envía soldados que participaron nas vitorias de Riobamba e Pichincha, que garantiron a rendición de Quito. Entre os días 26 e 27 de xullo de 1822 realízase a Entrevista de Guayaquil, onde se reúne con Bolívar. Pouco despois decide retirarse de tódolos cargos e volver ao seu país.
Volto a Mendoza pediu autorización para regresar a Bos Aires e reencontrarse coa súa esposa que estaba gravemente doente. Bernaldino Rivadavia, ministro de goberno do gobernador Martín Rodríguez, negoullo argumentando que non sería seguro para San Martín volver á cidade. O seu apoio aos caudillos do interior e a desobediencia a unha orde que recibira do goberno de reprimir aos federais, valeulle que os unitarios quixesen sometelo a un xuízo.
Porén, como a saúde da súa esposa empeoraba decidiu viaxar a Bos Aires, onde á súa chegada xa ela falecera o 3 de agosto de 1823.
Exilio e morte
Ao chegar a Bos Aires acusóuselle de converterse nun conspirador. Desalentado polas loitas exteriores entre unitarios e federais decidiu marchar do país coa súa filla, quen estivera ao coidado da súa avoa. O 10 de febreiro de 1824 partiu cara ao porto do Havre, Francia. Tiña 45 anos e era Xeneralísimo do Perú, Capitán xeneral da República de Chile e Xeneral das Provincias Unidas do Río da Prata. Logo dun breve período en Londres, instaláronse en Bruxelas e pouco despois en París.
En 1825 redactou as Máximas para mi hija, onde sintetizaba cales eran os seus ideais educativos.
En 1828 intentou regresar a Bos Aires, aínda que non chegou a desembarcar. Por tres meses permaneceu en Montevideo. O levantamento do seu antigo compañeiro Juan Lavalle contra o gobernador Manuel Dorrego, o posterior fusilamento de Dorrego, as rivalidades e a profunda decepción que sentía polo que acontecía na política do país foron os motivos principais para que San Martín decidise instalarse definitivamente en Europa.
Durante os anos en que durou o seu exilio San Martín mantivo contacto cos seus amigos en Bos Aires. Ao decatarse, en 1827, da guerra que Arxentina mantiña co Brasil, ofreceuse para loitar nela, pero nunca foi chamado. Entre os compatriotas que recibiu durante o seu exilio atopáronse Sarmiento, Alberdi e Alexandre Augado. En 1843 recibe a visita de Juan Bautista Alberdi. Entre 1845 e 1848 Domingo Faustino Sarmiento, que viaxou a Europa por encargo do goberno de Chile, atopouse con San Martín en Grand Bourg en varias oportunidades. Durante estes encontros informábase constantemente dos cambios e acontecementos da política arxentina.
En 1831 estableceuse en Francia nunha leira de campo próxima a París. Tres anos máis tarde mudouse a unha casa en Grand Bourg, onde residiu ata 1848. Finalmente, en marzo trasladouse a Boulogne-sur-Mer, onde faleceu en 17 de agosto de 1850.
En 1861 os seus restos foron trasladados á bóveda da familia González Balcarce, situada no cemiterio de Brunoy, Francia. Posteriormente houbo varios intentos de repatrialos ao país. Durante a presidencia de Nicolás Avellaneda creouse a "Comisión encargada da repatriación dos restos do Libertador", feito que finalmente se produciu o 28 de maio de 1880. Os seus restos descansan na Catedral da cidade de Bos Aires, fronte á Praza de Maio, custodiados por soldados do corpo de Granaderos dacabalo.
O seu testamento
O testamento hológrafo foi datado en París o 23 de xaneiro de 1844, deixando como única herdeira á súa filla Mercés de San Martín, casada con Mariano Balcarce. Outras cláusulas foron:
Que Mercés outorgue á súa tía María Helena unha pensión ata o seu falecemento.
Que á morte de María Helena se lle outorgue unha pensión á filla desta, Petronila.