Pila a été Ritt professeur assistant à l'université Columbia (1989-1992), fellow à l'université de Melbourne (1993-1994, 1996-1999/2000-2004) professeur assistant à l'université McGill (2003-2005), lecteur et lecteur sénior à l'université de Bristol (2005-2007/2007-2010) puis reader en logique mathématique à l'université d'Oxford depuis 2010. Il était membre, comme chercheur invité, de l'Institute for Advanced Study[3]. Pila a également fait une pause importante dans ses activités mathématiques[4],[5] pour travailler dans la manufacture familiale[6].
Enrico Bombieri et Jonathan Pila, « The number of integral points on arcs and ovals », Duke Math. J., vol. 59, no 2, , p. 337-357 (zbMATH0718.11048).
Jonathan Pila et Alex Wilkie, « The rational points of a definable set », Duke Math. J., vol. 133, no 3, , p. 591-616 (zbMATH1217.11066).
Jonathan Pila et Umberto Zannier, « Rational points in periodic analytic sets and the Manin-Mumford conjecture », Atti Accad. Naz. Lincei, Cl. Sci. Fis. Mat. Nat., IX. Ser., Rend. Lincei, vol. Mat. Appl. 19, no 2, , p. 149-162 (zbMATH1164.11029).
Thomas Scanlon, « A proof of the André-Oort-Conjecture via Mathematical Logic. After Pila, Wilkie, Zannier », Séminaire Bourbaki, no 1037, (lire en ligne).