À la chute de la République en , le président (Manuel Azaña) et le Président du conseil (Juan Negrín) s'exilent en France. Manuel Azaña démissionne de son poste avant de mourir en . Diego Martínez Barrio, Président du conseil en 1936, lui succède en tant que président. Lorsque l'Allemagne nazie occupe la France en 1940, le gouvernement s'exile au Mexique, dont le président Lázaro Cárdenas continue de reconnaître la République comme le gouvernement légal de l'Espagne, bien que Negrín a passé les années de guerre à Londres. Negrín démissionne de son poste de Président du conseil en 1945 et il est remplacé par José Giral.
Jusqu'en 1945, les républicains exilés espéraient qu'à la fin de la Seconde Guerre mondiale le gouvernement franquiste serait écarté du pouvoir par les Alliés. Ceci ne s'étant pas passé, le gouvernement en exil conserve un rôle purement symbolique. Le gouvernement revient à Paris en 1946. Il y a aussi un gouvernement basque en exil et un gouvernement catalan en exil.
Le gouvernement espagnol en exil est installé jusqu'au début des années 1960 au no 15 avenue Foch ; il bénéficie alors de la sympathie des autorités françaises en raison du rôle des républicains espagnols dans la Résistance. Quant au gouvernement basque en exil, il avait acheté dès 1937 l'immeuble du no 11 avenue Marceau, non loin de l'ambassade franquiste. Estimant qu'il a été acquis avec de l'argent public, Franco réclame sa restitution, d'autant plus que des publications qui lui sont hostiles y sont diffusées. Il obtient gain de cause en 1951, lors du rétablissement des relations diplomatiques franco-espagnoles, et le bâtiment accueille ensuite les services culturels de l'ambassade officielle[2].
Après la mort de Franco en 1975, le roi Juan Carlos restaure le gouvernement démocratique. En 1977, les républicains en exil décident d'accepter le rétablissement de la monarchie et de reconnaître le nouveau gouvernement comme démocratique, même s'il n'est pas républicain. Le , le Gouvernement de la République espagnole est officiellement dissous. Dans un geste de réconciliation, Juan Carlos reçoit les dirigeants exilés lors d'une cérémonie à Madrid.
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