En 1635, l'abbaye adopte la réforme de Sainte-Geneviève. Le bâtiment conventuel qui abrite aujourd'hui le musée est reconstruit : salle capitulaire, réfectoire, cuisine, dortoir, chauffoir, bibliothèque, oratoire et chambres. Vers 1662, construction du porche de l'église qui est remanié en 1727 par l'adjonction d'un portail Louis XV.
L'abbaye est acquise le 25 thermidor an V par l'hôpital Saint-Pierre dont le transfert le entraîne des remaniements : destruction du chœur à chevet plat et de ses chapelles latérales, transformation du transept et de la 7e travée de la nef et des bas-côtés en salles pour les malades.
En 1825, l'architecte châtillonnais Tridon construit le clocher actuel. L'ancien clocher, détruit en 1807, s'élevait au-dessus de la croisée du transept. L'église est à nouveau réaffectée au culte. Le chœur et la sacristie actuels sont réaménagés et la nouvelle église est consacrée le dédiée à Saint-Pierre. L'église Saint-Pierre reste la chapelle de l'Hôpital jusqu'au transfert de celui-ci dans ses bâtiments neufs.
Description
Architecture
L'église abbatiale d'origine est de style roman massif à trois nefs.
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