Borneoko Mahakam ibaiak Makassar itsasartean du ahoa. Itsasartean dauden portu nagusiak Borneoko Balikpapan eta Sulawesiko Palu eta Makassar dira; azken honek ematen dio izena itsasarteari. Samarinda hiria itsasartetik 48 kilometrora dago, Mahakam ibaiaren bazterrean.