Erruteno-ukrainar nobleziako familia batean jaio zen. Kieven eta Varsoviako jesuiten ikastetxe batean ikasi zuen eta ukraineraz, errusieraz, polonieraz, latinez, italieraz, alemanez eta tatareraz hitz egiten zuen. Europan zehar bidaiatu zuen eta lan diplomatikoak egin zituen Joan II.a Kasimiro Poloniako erregearentzat.
1663an bere lurraldera itzuli zen eta militar eta diplomatiko gisa hainbat ataman kosako zerbitzatu zituen. 1687an Mazepa Ukraina Ezkerraldeko ataman aukeratua izan zen. Aberastasun handia pilatu zuen eta Europako jaberik handienetako bat bihurtu zen. Barroko estiloko elizak eraiki ziren, eskolak eta inprentak sortu ziren eta lehen hezkuntza zabaldu zen.
1702an Ukraina Eskuinaldeko kosakoak matxinatu eta Polonia garaitu zuten. Mazepak gerran esku hartu zuen Petri I.a Errusiakoa tsarraren baimenarekin, eta Ukraina Ezkerraldeko zatiak anexionatu zituen.
Pedro I.aren neurri zentralizatzaileek Ukrainako kosakoen autonomiari eragin zioten. Mazepak errusiarrekin borrokatu zuen Poltavako guduan 1708an, baina desertatu eta Karlos XII.a Suediakoarekin elkartu zuen tsarrak kosako zaporizhiarren beste ataman bat izendatzeko asmoa zuela jakin zuenean. Errusiarrek Baturyn, atamanerriko hiriburua, suntsitu zuten.
Poltavako porrotak amaiera eman zion Mazepak Ukrainaren kontrola Suediari transferitzeko itxaropenari, independentzia agindu baitzien. Mazepak Karlos XII.arekin Bender gotorleku turkiarrera ihes egin zuen, eta han hil zen handik gutxira.
